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小讨厌123新虫 (小有名气)
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[求助]
用VMD生成的lammps data文件不对 是什么原因 已有1人参与
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先用MS建立水的模型 导出.pdf文件 然后用topo writelammpsdata 生成data文件 发现没有angle 用msi2lmp也生成了data文件 两个文件有很大差别 求大神指导是什么原因  用msi2lmp生成的data文件  用topo生成的data文件 |
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小讨厌123
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送红花一朵 3楼2014-09-09 14:29:34
qphll
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【答案】应助回帖
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注意两点: 1. LAMMPS的命令参数和文件格式变化比较频繁，每次编译新版本以后记得查看各个命令的格式 2. VMD的tcl格式的脚本比较灵活。打开VMD以后，从Extensions选择 “Tk Console”来运行脚本。 假设你的结构文件是H2O.xyz, 尝试搜索一些VMD的运行例子和使用说明，熟悉以下的几个命令， mol new H2O.xyz autobonds no waitfor all mol bondsrecalc top topo retypebonds topo guessangles topo guessdihedrals topo guessimpropers pbc set { 40.0 40.0 40.0 90.0 90.0 90.0 } topo writelammpsdata data.H2O 注意仔细观察data.H2O的格式。VMD的更新没有LAMMPS那么快，所以有时候Topo Tool plugin不一定对最新版的LAMMPS的data格式有效。你可能还需要一个小脚本来修改一下这个data.H2O文件。 LAMMPS准备带有键，角和二面角的输入文件确实需要耐心和细心的。 祝好运。 |
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2楼2014-09-05 11:30:58
zs806750658 
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