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yiha

新虫 (初入文坛)

[求助] lammps data file中水的H，O排列

各位好：
         在lammps 手册中有For each TIP4P water molecule in your system, the atom IDs for the O and 2 H atoms must be consecutive, with the O atom first.  For example, if the atom ID of an O atom in a TIP4P water molecule is 500, then its 2 H atoms must have IDs 501 and 502. 我用ms建模，用msi2lmp生成的dafa file中，水的H，O是不规则排列，请问怎么实现上述的连续排列？
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1楼 2012-07-06 15:20:10
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+5, 谢谢 2012-07-07 13:45:51
一、
不是规则排列的话，你可以自己写一个处理程序，改成这样。

二、

懒人的懒办法：
在VMD 中建立水的模型：
使用
topo writelammpsdata water_ok.data

这个data文件里就是挣钱的格式：
例如：

LAMMPS data file. CGCMM style. generated by VMD/TopoTools v1.0 on Fri Jul 06 16:52:25 +0800 2012
84 atoms
56 bonds
28 angles
0 dihedrals
0 impropers
2 atom types
1 bond types
1 angle types
0 dihedral types
0 improper types
-0.267500 9.732500  xlo xhi
0.015000 10.015000  ylo yhi
0.065500 10.065500  zlo zhi

Masses

1 1.007940 # HT
2 15.999400 # OT

Atoms

1 1 2 -0.834000 2.750000 8.844000 9.629000 # OT TIP3
2 1 1 0.417000 2.110000 8.290000 9.998000 # HT TIP3
3 1 1 0.417000 2.164000 9.245000 8.962000 # HT TIP3
4 2 2 -0.834000 1.661000 6.681000 1.943000 # OT TIP3
5 2 1 0.417000 1.943000 5.739000 1.981000 # HT TIP3
6 2 1 0.417000 0.778000 6.599000 1.483000 # HT TIP3
7 3 2 -0.834000 4.618000 8.125000 7.777000 # OT TIP3
8 3 1 0.417000 5.405000 7.919000 8.314000 # HT TIP3
9 3 1 0.417000 4.002000 8.458000 8.422000 # HT TIP3
10 4 2 -0.834000 3.403000 4.687000 9.815000 # OT TIP3
11 4 1 0.417000 3.109000 5.272000 9.097000 # HT TIP3
12 4 1 0.417000 3.817000 3.973000 9.327000 # HT TIP3
13 5 2 -0.834000 2.710000 6.185000 7.540000 # OT TIP3
14 5 1 0.417000 2.467000 6.236000 6.561000 # HT TIP3
15 5 1 0.417000 3.410000 6.855000 7.580000 # HT TIP3
16 6 2 -0.834000 3.320000 1.439000 3.693000 # OT TIP3
17 6 1 0.417000 3.018000 1.263000 2.795000 # HT TIP3
18 6 1 0.417000 4.218000 1.737000 3.533000 # HT TIP3
19 7 2 -0.834000 4.539000 2.605000 8.295000 # OT TIP3
20 7 1 0.417000 5.460000 2.702000 8.123000 # HT TIP3
21 7 1 0.417000 4.434000 1.616000 8.363000 # HT TIP3
22 8 2 -0.834000 4.654000 5.717000 5.023000 # OT TIP3
23 8 1 0.417000 5.059000 5.126000 4.395000 # HT TIP3
24 8 1 0.417000 5.409000 5.785000 5.634000 # HT TIP3
25 9 2 -0.834000 3.686000 8.353000 3.401000 # OT TIP3
26 9 1 0.417000 4.494000 7.930000 3.084000 # HT TIP3
27 9 1 0.417000 3.041000 7.727000 3.197000 # HT TIP3
28 10 2 -0.834000 5.450000 9.067000 5.337000 # OT TIP3
29 10 1 0.417000 4.722000 8.840000 4.711000 # HT TIP3
30 10 1 0.417000 4.939000 8.770000 6.117000 # HT TIP3
31 11 2 -0.834000 2.421000 3.775000 5.058000 # OT TIP3
32 11 1 0.417000 2.684000 2.934000 4.652000 # HT TIP3
33 11 1 0.417000 3.219000 4.340000 5.048000 # HT TIP3
34 12 2 -0.834000 5.141000 1.611000 0.499000 # OT TIP3
35 12 1 0.417000 4.697000 1.110000 1.234000 # HT TIP3
36 12 1 0.417000 6.031000 1.302000 0.586000 # HT TIP3
37 13 2 -0.834000 5.461000 6.754000 1.943000 # OT TIP3
38 13 1 0.417000 6.412000 6.627000 2.018000 # HT TIP3
39 13 1 0.417000 5.209000 5.956000 1.434000 # HT TIP3
40 14 2 -0.834000 7.314000 0.228000 9.152000 # OT TIP3
41 14 1 0.417000 7.447000 0.196000 8.157000 # HT TIP3
42 14 1 0.417000 8.219000 0.336000 9.426000 # HT TIP3
43 15 2 -0.834000 7.529000 4.508000 1.396000 # OT TIP3
44 15 1 0.417000 8.313000 4.582000 0.857000 # HT TIP3
45 15 1 0.417000 6.783000 4.511000 0.768000 # HT TIP3
46 16 2 -0.834000 7.881000 3.518000 5.700000 # OT TIP3
47 16 1 0.417000 8.550000 4.225000 5.812000 # HT TIP3
48 16 1 0.417000 7.070000 3.834000 6.169000 # HT TIP3
49 17 2 -0.834000 9.016000 4.086000 8.814000 # OT TIP3
50 17 1 0.417000 9.377000 5.001000 8.813000 # HT TIP3
51 17 1 0.417000 8.726000 3.741000 9.661000 # HT TIP3
52 18 2 -0.834000 6.439000 5.144000 7.455000 # OT TIP3
53 18 1 0.417000 7.310000 4.836000 7.837000 # HT TIP3
54 18 1 0.417000 6.121000 5.819000 8.116000 # HT TIP3
55 19 2 -0.834000 6.255000 9.802000 0.364000 # OT TIP3
56 19 1 0.417000 6.954000 9.121000 0.671000 # HT TIP3
57 19 1 0.417000 5.459000 9.264000 0.196000 # HT TIP3
58 20 2 -0.834000 6.140000 3.669000 3.704000 # OT TIP3
59 20 1 0.417000 6.732000 3.837000 2.949000 # HT TIP3
60 20 1 0.417000 6.807000 3.408000 4.378000 # HT TIP3
61 21 2 -0.834000 0.688000 2.781000 7.114000 # OT TIP3
62 21 1 0.417000 1.488000 3.190000 6.703000 # HT TIP3
63 21 1 0.417000 0.053000 3.429000 6.930000 # HT TIP3
64 22 2 -0.834000 0.449000 7.366000 9.140000 # OT TIP3
65 22 1 0.417000 0.202000 6.479000 9.095000 # HT TIP3
66 22 1 0.417000 0.796000 7.563000 8.256000 # HT TIP3
67 23 2 -0.834000 2.278000 3.922000 1.200000 # OT TIP3
68 23 1 0.417000 2.701000 3.392000 0.560000 # HT TIP3
69 23 1 0.417000 1.556000 3.406000 1.415000 # HT TIP3
70 24 2 -0.834000 3.438000 8.099000 0.316000 # OT TIP3
71 24 1 0.417000 2.547000 7.847000 0.577000 # HT TIP3
72 24 1 0.417000 3.889000 7.775000 1.093000 # HT TIP3
73 25 2 -0.834000 1.314000 9.385000 7.173000 # OT TIP3
74 25 1 0.417000 1.333000 8.706000 6.444000 # HT TIP3
75 25 1 0.417000 2.056000 9.953000 6.980000 # HT TIP3
76 26 2 -0.834000 7.572000 0.420000 3.478000 # OT TIP3
77 26 1 0.417000 7.636000 0.339000 2.503000 # HT TIP3
78 26 1 0.417000 6.628000 0.234000 3.530000 # HT TIP3
79 27 2 -0.834000 1.133000 7.080000 5.078000 # OT TIP3
80 27 1 0.417000 1.201000 7.102000 4.137000 # HT TIP3
81 27 1 0.417000 0.358000 6.549000 5.302000 # HT TIP3
82 28 2 -0.834000 8.578000 0.832000 6.351000 # OT TIP3
83 28 1 0.417000 7.928000 0.530000 5.693000 # HT TIP3
84 28 1 0.417000 8.563000 1.801000 6.335000 # HT TIP3

Bonds

1 1 1 2
2 1 1 3
3 1 4 5
4 1 4 6
5 1 7 8
6 1 7 9
7 1 10 11
8 1 10 12
9 1 13 14
10 1 13 15
11 1 16 17
12 1 16 18
13 1 19 20
14 1 19 21
15 1 22 23
16 1 22 24
17 1 25 26
18 1 25 27
19 1 28 29
20 1 28 30
21 1 31 32
22 1 31 33
23 1 34 35
24 1 34 36
25 1 37 38
26 1 37 39
27 1 40 41
28 1 40 42
29 1 43 44
30 1 43 45
31 1 46 47
32 1 46 48
33 1 49 50
34 1 49 51
35 1 52 53
36 1 52 54
37 1 55 56
38 1 55 57
39 1 58 59
40 1 58 60
41 1 61 62
42 1 61 63
43 1 64 65
44 1 64 66
45 1 67 68
46 1 67 69
47 1 70 71
48 1 70 72
49 1 73 74
50 1 73 75
51 1 76 77
52 1 76 78
53 1 79 80
54 1 79 81
55 1 82 83
56 1 82 84

Angles

1 1 2 1 3
2 1 5 4 6
3 1 8 7 9
4 1 11 10 12
5 1 14 13 15
6 1 17 16 18
7 1 20 19 21
8 1 23 22 24
9 1 26 25 27
10 1 29 28 30
11 1 32 31 33
12 1 35 34 36
13 1 38 37 39
14 1 41 40 42
15 1 44 43 45
16 1 47 46 48
17 1 50 49 51
18 1 53 52 54
19 1 56 55 57
20 1 59 58 60
21 1 62 61 63
22 1 65 64 66
23 1 68 67 69
24 1 71 70 72
25 1 74 73 75
26 1 77 76 78
27 1 80 79 81
28 1 83 82 84
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2楼2012-07-06 16:55:43
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yiha

新虫 (初入文坛)
谢谢回复，通过MS建模，把MS的pdb导入到vmd中，再使用topo writelammpsdata 文件名.data，但生成的文件里H,O排列依旧是不规则，请问要是通过编程排成规则的依据什么编程？
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3楼2012-07-09 15:51:22
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xinmaoqin

银虫 (小有名气)
谢谢楼主，很有用
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4楼2012-07-19 19:01:43
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yangwenbin99

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by yiha at 2012-07-09 15:51:22
谢谢回复，通过MS建模，把MS的pdb导入到vmd中，再使用topo writelammpsdata 文件名.data，但生成的文件里H,O排列依旧是不规则，请问要是通过编程排成规则的依据什么编程？

楼主怎么解决的，是编程吗，我现在遇到相同的问题
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5楼2013-04-10 10:41:34
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