| 查看: 3390 | 回复: 3 | |||
小讨厌123新虫 (小有名气)
|
[求助]
用VMD生成的lammps data文件不对 是什么原因已有1人参与
|
|
先用MS建立水的模型 导出.pdf文件 然后用topo writelammpsdata 生成data文件 发现没有angle 用msi2lmp也生成了data文件 两个文件有很大差别 求大神指导是什么原因  用msi2lmp生成的data文件  用topo生成的data文件 |
回复此楼» 收录本帖的淘贴专辑推荐
 分子动力学-初级问题资源 |
» 猜你喜欢
药学硕士找不到工作，打算去做科研助理了
已经有15人回复
-
试剂价格
已经有3人回复
-
我标书代码变了
已经有64人回复
-
34岁读博士晚吗
已经有32人回复
-
博后基金刷到的BUG,图片来的更直观
已经有13人回复
-
求教最后一步问题出在哪
已经有4人回复
-
2024国社科通讯评审
已经有25人回复
-
博士毕业高校和就业的相关问题
已经有11人回复
-
F口信息学部拿面上，大概需要什么样的成果
已经有12人回复
-
初始合伙人来啦！（生物试剂耗材标准品）
已经有22人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- Ubuntu下安装lammps单机版（no MPI，no FFT）几点心得
已经有5人回复
- lammps的in文件错误求助
已经有6人回复
- 求助LAMMPS两次运算结果不一致问题！
已经有11人回复
- 如何把lammps的轨迹文件转化为视频呢？
已经有3人回复
- MS生成Lammps的data文件，文件中原子的类型和顺序并不是自己想要的，请问如何修改？
已经有8人回复
- LAMMPS的轨迹文件怎么转换为VMD的PDB文件
已经有7人回复
- 经过MS模型导入到LAMMPS，在运算时出现的错误求助
已经有22人回复
- lammps中tools的lmp2VMD
已经有11人回复
- ms导出lammps的data文件的亲身经验，希望能帮上各位一点
已经有306人回复
- lammps中读取的data文件和in文件
已经有5人回复
- 关于lammps中的in文件运行时的错误问题查找
已经有10人回复
- LAMMPS 的坐标文件怎么构建呢？不可能一个一个原子的输入吧？
已经有8人回复
- lammps文件可视化问题
已经有14人回复
- lammps read_data 文件格式
已经有12人回复
- lammps data file中水的H，O排列
已经有4人回复
- 如何在lammps里加入新的势函数形式？
已经有6人回复
- 关于lammps读取data文件的问题
已经有7人回复
- 【分享】LAMMPS的语法中文解释
已经有136人回复
- 【讨论】lammps-怪异的group温度
已经有9人回复
- 【求助】RDF分析-lammps
已经有12人回复
- 【求助】将MS数据文件转化成lammps data
已经有25人回复
qphll
金虫 (正式写手)
- 模拟EPI: 10
- 应助: 18 (小学生)
- 金币: 2708.7
- 散金: 2294
- 红花: 8
- 帖子: 554
- 在线: 226.6小时
- 虫号: 89654
- 注册: 2005-08-29
- 性别: GG
- 专业: 碳素材料与超硬材料
【答案】应助回帖
感谢参与，应助指数 +1
|
注意两点: 1. LAMMPS的命令参数和文件格式变化比较频繁，每次编译新版本以后记得查看各个命令的格式 2. VMD的tcl格式的脚本比较灵活。打开VMD以后，从Extensions选择 “Tk Console”来运行脚本。 假设你的结构文件是H2O.xyz, 尝试搜索一些VMD的运行例子和使用说明，熟悉以下的几个命令， mol new H2O.xyz autobonds no waitfor all mol bondsrecalc top topo retypebonds topo guessangles topo guessdihedrals topo guessimpropers pbc set { 40.0 40.0 40.0 90.0 90.0 90.0 } topo writelammpsdata data.H2O 注意仔细观察data.H2O的格式。VMD的更新没有LAMMPS那么快，所以有时候Topo Tool plugin不一定对最新版的LAMMPS的data格式有效。你可能还需要一个小脚本来修改一下这个data.H2O文件。 LAMMPS准备带有键，角和二面角的输入文件确实需要耐心和细心的。 祝好运。 |
小讨厌1232楼2014-09-05 11:30:58
小讨厌123
新虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 246
- 散金: 16
- 帖子: 55
- 在线: 39.6小时
- 虫号: 2922365
- 注册: 2014-01-09
- 性别: MM
- 专业: 工程热力学
3楼2014-09-09 14:29:34
zs806750658 
铜虫 (正式写手)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 725.8
- 散金: 12
- 红花: 11
- 帖子: 462
- 在线: 497.3小时
- 虫号: 1405619
- 注册: 2011-09-17
- 性别: GG
- 专业: 矿物学(含矿物物理学）
4楼2019-07-26 21:36:37
20