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bzzhwangyan

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专业: 化学生物学与生物有机化学

[求助] 给小分子加显性水盒子

需要给下面的小分子加显性水盒子。我的做法如下：1.用高斯计算小分子的resp电荷。2.用antechamber模块生成小分子参数模板。3.加水盒子。
但是在第二步的时候出现了问题，生成的prepin文件如图e.prepin。也就是只识别了那个小分子的一部分，另一部分没有识别。求大神解答，这到底怎么回事？谢谢。

e.log.jpg

e.prepin.jpg

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1楼 2014-08-21 10:18:27

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