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1楼2014-08-14 09:40:00

xyj114114

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这个和算法有关，也就是在构建系统发育树时你勾选的算法有关。我也遇到过这种情况，如果不是非要是模式菌株，你可以在genbank blast后，找出相似性最高的几个菌株序列作为参比菌株，再作出的发育树估计能满足你的要求。希望对你有帮助

9楼2014-08-16 18:57:58

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RuyangHan

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【答案】应助回帖

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zhang8826857: 金币+5, 鼓励新虫 2014-08-14 11:19:54

可能这个序列你用了反向互补的序列了，把它重新调整过来就可以了。

2楼2014-08-14 10:13:19

jdwjfy

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引用回帖:

2楼: Originally posted by RuyangHan at 2014-08-14 10:13:19
可能这个序列你用了反向互补的序列了，把它重新调整过来就可以了。

不是反向互补的序列，之前都检查过了，就是系统发育的进化距离比较远，不在一个分支上。

3楼2014-08-14 11:00:33

RuyangHan

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引用回帖:

3楼: Originally posted by jdwjfy at 2014-08-14 11:00:33
不是反向互补的序列，之前都检查过了，就是系统发育的进化距离比较远，不在一个分支上。...

那不好意思，我误解了你的问题，我还以为你是问技术问题。你是想问” 为什么生理生化性状相似性高的菌株基于DNA序列的系统发育关系反而远？“ 吗？这是很正常的，在进化过程中生理生化性状完全有可能是后天通过基因水平转移从关系较远的其他物种中获得的，或属于同一种的某些种也可能丢失某个片段导致失去性状，所以你发现性状相似的菌株属于不同的系统发育单位是非常常见的现象。

4楼2014-08-14 12:00:36