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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 分类/鉴定 » 相似性高的菌株为什么系统发育建树后相隔很远？
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jdwjfy

金虫 (小有名气)

[求助] 相似性高的菌株为什么系统发育建树后相隔很远？ 已有3人参与

相似性高的菌株为什么系统发育建树后相隔很远？请高人指点，谢谢！
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1楼 2014-08-14 09:40:00
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RuyangHan

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zhang8826857: 金币+5, 鼓励新虫 2014-08-14 11:19:54
可能这个序列你用了反向互补的序列了，把它重新调整过来就可以了。
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2楼2014-08-14 10:13:19
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jdwjfy

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by RuyangHan at 2014-08-14 10:13:19
可能这个序列你用了反向互补的序列了，把它重新调整过来就可以了。

不是反向互补的序列，之前都检查过了，就是系统发育的进化距离比较远，不在一个分支上。
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3楼2014-08-14 11:00:33
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RuyangHan

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by jdwjfy at 2014-08-14 11:00:33
不是反向互补的序列，之前都检查过了，就是系统发育的进化距离比较远，不在一个分支上。...

那不好意思，我误解了你的问题，我还以为你是问技术问题。你是想问” 为什么生理生化性状相似性高的菌株基于DNA序列的系统发育关系反而远？“ 吗？ 这是很正常的，在进化过程中生理生化性状完全有可能是后天通过基因水平转移从关系较远的其他物种中获得的，或属于同一种的某些种也可能丢失某个片段导致失去性状，所以你发现性状相似的菌株属于不同的系统发育单位是非常常见的现象。
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4楼2014-08-14 12:00:36
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jdwjfy

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by RuyangHan at 2014-08-14 12:00:36
那不好意思，我误解了你的问题，我还以为你是问技术问题。你是想问” 为什么生理生化性状相似性高的菌株基于DNA序列的系统发育关系反而远？“ 吗？ 这是很正常的，在进化过程中生理生化性状完全有可能是后天通过基 ...

你好，谢谢回复！我的意思是16srRNA相似性比对后的得到的同源性最高的菌株，系统发育建树后没有与自己的菌在同一分支上，自己的菌株形成了一个单独的分支，而且与相似性最高的菌进化距离相差较远。想对这种结果有个解释，谢谢啦！
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5楼2014-08-14 15:42:11
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RuyangHan

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
5楼: Originally posted by jdwjfy at 2014-08-14 15:42:11
你好，谢谢回复！我的意思是16srRNA相似性比对后的得到的同源性最高的菌株，系统发育建树后没有与自己的菌在同一分支上，自己的菌株形成了一个单独的分支，而且与相似性最高的菌进化距离相差较远。想对这种结果有个 ...

我不是做生物信息学的，假如需要，你能不能贴出比对结果和进化树？我可以问一下旁边的人。只觉得序列比对（比如Blast)和建树所用的算法(比如Neighbor-Joining)和参数是不一样的，所以会导致偏差。再深入就不知道了。
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6楼2014-08-15 00:40:12
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swnz

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
你建进化树用的是什么序列，还是16SrRNA序列吗

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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跟着感觉走
7楼2014-08-15 07:37:48
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499649610

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
引用回帖:
5楼: Originally posted by jdwjfy at 2014-08-14 15:42:11
你好，谢谢回复！我的意思是16srRNA相似性比对后的得到的同源性最高的菌株，系统发育建树后没有与自己的菌在同一分支上，自己的菌株形成了一个单独的分支，而且与相似性最高的菌进化距离相差较远。想对这种结果有个 ...

很多菌株16SrRNA并不是单拷贝序列，所以用其来做进化分析只能是一个大概估计，一般情况下可以区分不同的属，但是区分到种，其只能作为一个参考,很多菌株(如Dickeya属菌株)16SrRNA就无法把同一个种的菌株聚在同一个分支。如果你只是利用进化分析进行分类的话，个人建议做MLSA
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8楼2014-08-15 08:36:20
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xyj114114

木虫 (著名写手)
这个和算法有关，也就是在构建系统发育树时你勾选的算法有关。我也遇到过这种情况，如果不是非要是模式菌株，你可以在genbank blast后，找出相似性最高的几个菌株序列作为参比菌株，再作出的发育树估计能满足你的要求。希望对你有帮助
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9楼2014-08-16 18:57:58
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