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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 分类/鉴定 » 关于芽孢杆菌16S rRNA鉴定的疑问
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zoeye

金虫 (小有名气)

[求助] 关于芽孢杆菌16S rRNA鉴定的疑问 已有2人参与

我想用PCR的方法鉴定几种芽孢杆菌

枯草芽孢杆菌  
我在NCBI的Nucleotide里直接输Bacillus subtills直接弹出来的就是【Bacillus subtilis strain N7 16S ribosomal RNA gene, partial sequence】
我是直接在这个序列上设计引物就能P出我要的枯草芽孢杆菌吗
因为我不太清楚我的枯草到底是哪种亚型

我还要鉴定  苏云金芽孢杆菌
在Nucleotide输入Bacillus thuringiensis 直接弹出来的是【Bacillus thuringiensis VipS gene, complete cds】的序列
这个序列可以特异性的鉴定苏云金吗？？
直接弹出的结果是不是表示没有16s rRNA的序列呢？

我还要鉴定蜡样芽孢杆菌
但在NCBI里面搜关键词 结果有很多 其中有个【Bacillus cereus NC7401 genomic DNA, complete genome】
我可以在里面找到16S的序列直接设计引物做PCR鉴定我的蜡样芽孢杆菌吗？

小女子不是学微生物的
现在需要鉴定
有很多困惑
还希望各位前辈多多指点

我只用生理生化的方法鉴定到某个种
是不是只有到亚种才能PCR啊？
还有 我是在一个混合的环境微生物里面筛这些
培养的方法貌似不是很靠谱
我确定所有样本里面都有 但是并不是所有的样本都可以培养的出来
希望各位大神献计献策

谢谢
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1楼 2014-08-04 08:54:55
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zoeye

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by zhaozhibozhi at 2014-08-05 08:36:03
貌似芽孢杆菌一些种的16s序列几乎完全一致，如果是想设计特异性引物区别这三个种的话，需要对它们的序列进行比对，在差异区域设计各个种的特异引物（不太清楚这三个钟16s序列差异多大）。

特异性pcr只能提供一个 ...

我找到了16S rRNA的序列先肥西可变区和保守区吗？
我将NCBI里面的16S rRNA全长进行Blast 我的目的菌种的相似度是100%
其他都是按照99%依次往下的相似度排列的
那我可以P这个16S的全长来鉴定吗
我关注的是4个菌 这4个菌相似度很高
但在NCBI里面BLAST全长 都是只有一个100% 其中还有一个100%是炭疽芽胞杆菌 这个显然不是我要的
那我可以P全长来鉴定吗？

期待您的回复

PS:MLSA是什么？我搜了文献 有的是P一个基因 比如 有的文献写的利用gyrA基因鉴定枯草芽孢杆菌？ 我就想问了 不是所有菌都有这个基因吗？而且gyrA基因鉴定的竟然是枯草杆菌属吗？ 不是某个亚型？怎么听起来那么不靠谱呢？
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5楼2014-08-05 08:43:38
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zhuyundi

新虫 (初入文坛)
感谢参与，应助指数 +1
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2楼2014-08-04 15:29:37
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zoeye

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by zhuyundi at 2014-08-04 15:29:37
需要鉴定这块的话，你可以电话联系我，已发你私信

我已经知道了具体亚种
如何可以知道鉴定这种亚种特定的16S rRNA引物呢？
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3楼2014-08-04 15:35:34
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zhaozhibozhi

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zoeye: 金币+5, ★★★很有帮助 2014-08-05 08:37:17
貌似芽孢杆菌一些种的16s序列几乎完全一致，如果是想设计特异性引物区别这三个种的话，需要对它们的序列进行比对，在差异区域设计各个种的特异引物（不太清楚这三个钟16s序列差异多大）。

特异性pcr只能提供一个初步的证据（基于16s序列的特异性引物需要好好考虑了，因为16s序列还是相当保守的）。你可以查阅相关文献，基于其它基因或序列的特异性引物应该是存在的。

如果是对16s进行测序的话，有几对16s保守引物的，如27f/1492r。但是对芽孢杆菌来说，仅根据16s序列是很难鉴定到种的。需要结合其它证据，如MLSA。
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做一个阳光、开朗的小和尚
4楼2014-08-05 08:36:03
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