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kiruwa

专家顾问 (职业作家)

[求助] 请教:16S rRNA, 95%相似度可以归为同属 已有5人参与

95%相似度可以归为同属( genus), 97%相似度可以归为同种 ( specie) ,对吗? 谢谢大家了.
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请注意,照片不是我本人!!!请不要把此人和我的长相联系到一起去.
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王丹2013

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
kiruwa: 金币+5 2014-06-14 09:29:07
建议读一下10年的这篇文章:Notes on the characterization of prokaryote strains
for taxonomic purposes,这篇文章是由搞细菌系统分类的几位大牛写的。他们建议在细菌系统分类学上,根据16S rRNA基因的相似度,以95%的相似度作为属的标准,97%作为种的标准。当然这并不是绝对标准,只是一个参考值。一个细菌分类地位的最终确定,需要做多相分类分析,包括形态,生理生化,进化和分子等特征,以后还会包括基因组分析。
7楼2014-04-30 20:20:51
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xiaoamuchong

专家顾问 (职业作家)

科研工作者

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
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laozuzunzhe: 金币+2, good! 2014-04-30 08:56:03
kiruwa: 金币+2 2014-06-14 09:28:48
不对不对。相似度大于99%的细菌判定为同种细菌,相似度介于95%~99%之间则判定为同属,相似度在91%~95%之间判定为同科。
曾经有人问我为什么要学微生物,我只是想离生命的本质更近一点。
2楼2014-04-29 22:53:21
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匿名

用户注销 (正式写手)

★ ★ ★ ★ ★
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laozuzunzhe: 金币+2, 鼓励应助! 2014-04-30 08:56:21
kiruwa: 金币+3 2014-06-14 09:28:56
本帖仅楼主可见
5楼2014-04-30 01:51:38
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普通回帖

kiruwa

专家顾问 (职业作家)

引用回帖:
2楼: Originally posted by xiaoamuchong at 2014-04-29 22:53:21
不对不对。相似度大于99%的细菌判定为同种细菌,相似度介于95%~99%之间则判定为同属,相似度在91%~95%之间判定为同科。

97%是同属吧.
请注意,照片不是我本人!!!请不要把此人和我的长相联系到一起去.
3楼2014-04-29 23:06:49
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xiaoamuchong

专家顾问 (职业作家)

科研工作者

引用回帖:
3楼: Originally posted by kiruwa at 2014-04-29 23:06:49
97%是同属吧....

是的。
曾经有人问我为什么要学微生物,我只是想离生命的本质更近一点。
4楼2014-04-29 23:19:28
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mizhoulong

木虫 (著名写手)

环境卫生、微生物学

【答案】应助回帖

★ ★
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kiruwa: 金币+2 2014-06-14 09:29:02
16s算是初步鉴定,指明一个方向,生化反应还是必须的
环境卫生、微生物学、卫生应急
6楼2014-04-30 11:05:58
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xwkhj

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
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kiruwa: 金币+3 2014-06-14 09:29:11
我们在做真菌的时候一般都是选择97%的作为一个种!
妈的,郁闷,帮别人应助文献,结果胶回收跑过了,天不佑我!
8楼2014-05-01 15:04:47
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movemove

铜虫 (小有名气)

顺带提问:
测序的精度对归类也有影响吧?比如像454测到的250bp的16sRNA片段,要归类的话,3%的误差就是7个bp。但对于总长几百上千的总长来讲,7个bp已经算是精度极高了吧?这还不能归到种?
9楼2014-05-03 01:25:34
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kittykbh

铜虫 (正式写手)

理论上大于97%是可以分到同种,小于97%基本上是同种的可能性很小了。但是做种属鉴定的时候99%都不一定是同种,必须要附带生理生化的,最终要的指标是两者DNA-DNA杂交小于70%,IJSEM上认定是两个不同种
10楼2014-06-18 19:55:46
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