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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 综合其他 » 请教:16S rRNA, 95%相似度可以归为同属
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kiruwa

专家顾问 (职业作家)

[求助] 请教:16S rRNA, 95%相似度可以归为同属 已有5人参与

95%相似度可以归为同属( genus), 97%相似度可以归为同种 ( specie) ,对吗? 谢谢大家了.
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请注意,照片不是我本人!!!请不要把此人和我的长相联系到一起去.
1楼 2014-04-29 22:48:32
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

王丹2013

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
kiruwa: 金币+5 2014-06-14 09:29:07
建议读一下10年的这篇文章：Notes on the characterization of prokaryote strains
for taxonomic purposes，这篇文章是由搞细菌系统分类的几位大牛写的。他们建议在细菌系统分类学上，根据16S rRNA基因的相似度，以95%的相似度作为属的标准，97%作为种的标准。当然这并不是绝对标准，只是一个参考值。一个细菌分类地位的最终确定，需要做多相分类分析，包括形态，生理生化，进化和分子等特征，以后还会包括基因组分析。
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7楼2014-04-30 20:20:51
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xiaoamuchong

专家顾问 (职业作家)

科研工作者

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
laozuzunzhe: 金币+2, good！ 2014-04-30 08:56:03
kiruwa: 金币+2 2014-06-14 09:28:48
不对不对。相似度大于99%的细菌判定为同种细菌，相似度介于95%~99%之间则判定为同属，相似度在91%~95%之间判定为同科。
赞一下(1人) 回复此楼
曾经有人问我为什么要学微生物，我只是想离生命的本质更近一点。
2楼2014-04-29 22:53:21
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匿名

用户注销 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
laozuzunzhe: 金币+2, 鼓励应助！ 2014-04-30 08:56:21
kiruwa: 金币+3 2014-06-14 09:28:56
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5楼2014-04-30 01:51:38
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普通回帖

kiruwa

专家顾问 (职业作家)
引用回帖:
2楼: Originally posted by xiaoamuchong at 2014-04-29 22:53:21
不对不对。相似度大于99%的细菌判定为同种细菌，相似度介于95%~99%之间则判定为同属，相似度在91%~95%之间判定为同科。

97%是同属吧.
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请注意,照片不是我本人!!!请不要把此人和我的长相联系到一起去.
3楼2014-04-29 23:06:49
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xiaoamuchong

专家顾问 (职业作家)

科研工作者
引用回帖:
3楼: Originally posted by kiruwa at 2014-04-29 23:06:49
97%是同属吧....

是的。
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曾经有人问我为什么要学微生物，我只是想离生命的本质更近一点。
4楼2014-04-29 23:19:28
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mizhoulong

木虫 (著名写手)

环境卫生、微生物学

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
kiruwa: 金币+2 2014-06-14 09:29:02
16s算是初步鉴定，指明一个方向，生化反应还是必须的
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环境卫生、微生物学、卫生应急
6楼2014-04-30 11:05:58
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xwkhj

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
kiruwa: 金币+3 2014-06-14 09:29:11
我们在做真菌的时候一般都是选择97%的作为一个种！
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妈的，郁闷，帮别人应助文献，结果胶回收跑过了，天不佑我！
8楼2014-05-01 15:04:47
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movemove

铜虫 (小有名气)
顺带提问：
测序的精度对归类也有影响吧？比如像454测到的250bp的16sRNA片段，要归类的话，3%的误差就是7个bp。但对于总长几百上千的总长来讲，7个bp已经算是精度极高了吧？这还不能归到种？
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9楼2014-05-03 01:25:34
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kittykbh

铜虫 (正式写手)
理论上大于97%是可以分到同种，小于97%基本上是同种的可能性很小了。但是做种属鉴定的时候99%都不一定是同种，必须要附带生理生化的，最终要的指标是两者DNA-DNA杂交小于70%，IJSEM上认定是两个不同种
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10楼2014-06-18 19:55:46
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