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043114076

木虫 (正式写手)

[交流] Vasp NEB 计算前原子排序脚本 已有6人参与

使用vasp NEB计算反应路径一般会使用nebmake.pl 进行插点生成一系列的POSCAR，常常会遇到初始结构和最终结构POSCAR的原子顺序并不一一对应的情况，这样插点就会出现结构混乱。我自己写了个排序的脚本用于自动排序，供大家参考使用：
使用方法：将下面的脚本拷贝到一个文件，比如pos_order.sh。根据自己的情况修改begin和end两个变量。运行：sh pos_order.sh POSCAR.start POSCAR.end
生成一个POSCAR.end.new。其中POSCAR.start 和POSCAR.end 是初始结构和最终结构，可以使用其他名字。
CODE:
#!/bin/bash

begin=9 #输入结构开始行号
end=133 #输入结构结束行号
headline=`awk "BEGIN{print $begin-1}"`
head -n $headline $2 > $2.new
awk -v begin=$begin -v end=$end '
    (FILENAME==ARGV[1])&&(FNR>=begin)&&(FNR<=end){x0[FNR]=$1;y0[FNR]=$2;z0[FNR]=$3}
    (FILENAME==ARGV[2])&&(FNR>=begin)&&(FNR<=end){x1[FNR]=$1;y1[FNR]=$2;z1[FNR]=$3}
     END{for(i=begin;i<=end;i=i+1){
          rmin=1;
          for(j=begin;j<=end;j=j+1){
            r=(x0[i]-x1[j])^2+(y0[i]-y1[j])^2+(z0[i]-z1[j])^2;
            if(r<rmin){rmin=r;nr=j}
            };
          x2[i]=x1[nr];y2[i]=y1[nr];z2[i]=z1[nr];
          printf("%9.6f%9.6f%9.6f\n",x2[i],y2[i],z2[i])
          };
        }' $1 $2 >> $2.new
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afan0012 wangscott

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1楼 2014-07-28 11:07:12
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dujunhui

金虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
这么好的帖子，怎么没人顶
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2楼2014-09-15 11:10:04
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zb3ynf

银虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by dujunhui at 2014-09-15 11:10:04
这么好的帖子，怎么没人顶

无比感谢！！！！！！！！！！！！！
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3楼2014-09-20 16:19:31
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吕小强强

新虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
顶了  不过动力学的  FFF  TTT  都变没了 有影响吗
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4楼2015-02-07 09:22:05
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043114076

木虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 吕小强强 at 2015-02-07 09:22:05
顶了  不过动力学的  FFF  TTT  都变没了 有影响吗

如果设定了Selective Dyanamic, 是有影响的. 不过稍微修改一下脚本就可以实现.
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5楼2015-02-09 08:57:37
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吕小强强

新虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
5楼: Originally posted by 043114076 at 2015-02-09 08:57:37
如果设定了Selective Dyanamic, 是有影响的. 不过稍微修改一下脚本就可以实现....

挺好使，只是有些体系为什么产生的并不一一对应而且POSCAR.NEW转化成GIF后有些原子不见了，potcar估计也难对上那顺序，是不是那种路径不存在才会这样。

[ 发自小木虫客户端 ]
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6楼2015-02-10 00:00:01
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抖抖豆豆
7楼2016-01-24 16:22:30
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afan0012

木虫 (小有名气)
送红花一朵
多谢分享
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8楼2016-01-25 19:44:08
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wangscott
送红花一朵
谢谢分享
9楼2022-05-27 22:55:21
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