[交流] Vasp NEB 计算前原子排序脚本 已有6人参与

#!/bin/bash

begin=9 #输入结构开始行号
end=133 #输入结构结束行号
headline=`awk "BEGIN{print $begin-1}"`
head -n $headline $2 > $2.new
awk -v begin=$begin -v end=$end '
    (FILENAME==ARGV[1])&&(FNR>=begin)&&(FNR<=end){x0[FNR]=$1;y0[FNR]=$2;z0[FNR]=$3}
    (FILENAME==ARGV[2])&&(FNR>=begin)&&(FNR<=end){x1[FNR]=$1;y1[FNR]=$2;z1[FNR]=$3}
     END{for(i=begin;i<=end;i=i+1){
          rmin=1;
          for(j=begin;j<=end;j=j+1){
            r=(x0[i]-x1[j])^2+(y0[i]-y1[j])^2+(z0[i]-z1[j])^2;
            if(r<rmin){rmin=r;nr=j}
            };
          x2[i]=x1[nr];y2[i]=y1[nr];z2[i]=z1[nr];
          printf("%9.6f%9.6f%9.6f\n",x2[i],y2[i],z2[i])
          };
        }' $1 $2 >> $2.new