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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » VASP计算neb的步骤
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liu108

木虫 (正式写手)

[求助] VASP计算neb的步骤

给位同仁：
       本人正在学习vasp中NEB的计算，vasp为4.6版本，执行程序为vasp-vt。因为是新手，所以在计算步骤上还不是太了解，还望给位高手指点。我首先是做好了初态和终态，并用脚本nebmake.pl产生了5个构象，5个构象和两个初态终态的POSCAR被自动保存到了7个子文件夹中。接下来我在总目录下设置了INCAR， KPOINTS，POTCAR，运行vasp-vt进行计算。现在计算完了，但是接下来该怎么做呢？还有就是我之前所做的各个步骤有没有错呢？还请给位高手指点。
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1楼 2012-09-19 13:56:52
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

hakuna

木虫 (知名作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
sunyang1988: 金币+1, 谢谢交流 2012-09-20 16:59:35
liu108: 金币+10, ★★★很有帮助 2012-09-21 08:51:14
liu108: 金币+10 2012-10-05 10:19:42
引用回帖:
4楼: Originally posted by liu108 at 2012-09-19 17:24:39
NEB怎么来判断反应呢？我的反应物和生成物的结构怎么做呢？...

根据活化能判断反应难易
测试反应物可能的吸附结构，最稳定者做初态；根据反应物猜测可能的生成物，最稳定的做终态；这些都是优化工作..
如果用NEB，就插若干结构，注意插入结构的合理性，否则NEB难收敛甚至不收敛，设一下INCAR，算就是了，然后就是耐心等待结果.....
收敛后，对插入结构中能量最高的那个再算下频率，确认一下是否真的为过渡态.....
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liu108
5楼2012-09-19 18:00:34
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hakuna

木虫 (知名作家)
引用回帖:
13楼: Originally posted by aibude163 at 2012-11-10 10:50:49
朋友，如何画reaction path啊，谢谢了...

对应于每个IMAGE的OUTCAR里，有前后两个IMAGE之间的距离，再加上能量，就可以做REACTION PATH了....
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14楼2012-11-10 12:10:18
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普通回帖

hakuna

木虫 (知名作家)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
sunyang1988: 金币+1, 谢谢提示 2012-09-20 16:59:14
你做NEB的目的是什么？不就是找个过渡态、算个能垒、判断反应或扩散的难易吗？最多再画个reaction path，不知道你还想干嘛
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2楼2012-09-19 16:34:18
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liu108

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by hakuna at 2012-09-19 16:34:18
你做NEB的目的是什么？不就是找个过渡态、算个能垒、判断反应或扩散的难易吗？最多再画个reaction path，不知道你还想干嘛

嗯，是的，就是计算过渡态的，但是具体的步骤不是很清晰，不知道做的对不对，还望指点。
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3楼2012-09-19 16:52:34
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liu108

木虫 (正式写手)
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2楼: Originally posted by hakuna at 2012-09-19 16:34:18
你做NEB的目的是什么？不就是找个过渡态、算个能垒、判断反应或扩散的难易吗？最多再画个reaction path，不知道你还想干嘛

NEB怎么来判断反应呢？我的反应物和生成物的结构怎么做呢？
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4楼2012-09-19 17:24:39
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liu108

木虫 (正式写手)
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引用回帖:
5楼: Originally posted by hakuna at 2012-09-19 18:00:34
根据活化能判断反应难易
测试反应物可能的吸附结构，最稳定者做初态；根据反应物猜测可能的生成物，最稳定的做终态；这些都是优化工作..
如果用NEB，就插若干结构，注意插入结构的合理性，否则NEB难收敛甚至不收 ...

谢谢你的回复，对于初始态和终态的POSCAR设置我还不明白。比方说我的吸附结构是LiBH4@C60，反应后，生成LiH@C60，B，H2。如果我把LiBH4@C60做初始态的POSCAR的话，那我用哪个结构作为我的终态的POSCAR呢？还有就是怎样检测插入结构的合理性呢？频率来判断过渡态是怎样判断的呢？是根据虚频来判断么？新手，还望不吝赐教。
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6楼2012-09-20 10:59:46
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hakuna

木虫 (知名作家)
引用回帖:
6楼: Originally posted by liu108 at 2012-09-20 10:59:46
谢谢你的回复，对于初始态和终态的POSCAR设置我还不明白。比方说我的吸附结构是LiBH4@C60，反应后，生成LiH@C60，B，H2。如果我把LiBH4@C60做初始态的POSCAR的话，那我用哪个结构作为我的终态的POSCAR呢？还有就是 ...

你这个恐怕不能直接算吧，应该分几个基元步骤。算反应只能对基元步骤计算，你得分析一下，由反应物可能经历那些中间产物才能到最终产物，然后一步一步算，每一步的产物作为下一步的反应物......
插入结构的合理性主要看看插入的结构是否依次像是自反应物到产物的逐步变化过程，特别注意，各个IMAGE中的原子间距不要有过近的情况，否则，在过渡态搜索时结构可能会散掉。如果出现原子过近情况，可以手动改一下.....
过渡态应该有且仅有一个虚频，并且对应虚频的振动模式，应该沿着成键或断键时，原子彼此接近或远离的方向....
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7楼2012-09-21 14:01:47
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afujie

木虫 (正式写手)
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2楼: Originally posted by hakuna at 2012-09-19 16:34:18
你做NEB的目的是什么？不就是找个过渡态、算个能垒、判断反应或扩散的难易吗？最多再画个reaction path，不知道你还想干嘛

如果我想算高温高压下的扩散呢 怎样实现高温高压？如果我先跑高温高压下的MD，得到初末态结构 然后在此基础上算NEB可以吗？NEB直接可以把温度和压强加上吗？希望不吝赐教
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8楼2012-10-25 14:41:59
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liu108

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8楼: Originally posted by afujie at 2012-10-25 14:41:59
如果我想算高温高压下的扩散呢 怎样实现高温高压？如果我先跑高温高压下的MD，得到初末态结构 然后在此基础上算NEB可以吗？NEB直接可以把温度和压强加上吗？希望不吝赐教...

你好，VASP计算MD怎么设置POSCAR KPOINTS INCAR呢？我想做升温恒压下的MD，想看一下结构随着温度的变化情况。
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9楼2012-10-25 16:08:38
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afujie

木虫 (正式写手)
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9楼: Originally posted by liu108 at 2012-10-25 16:08:38
你好，VASP计算MD怎么设置POSCAR KPOINTS INCAR呢？我想做升温恒压下的MD，想看一下结构随着温度的变化情况。...

MD 跟初始结构是没有太大关系的 做升温的MD 那就就选几个温度点分别跑恒温的MD就好了 只有INCAR要设置 具体设置哪些参数 你还是看一下样本输入文件吧
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10楼2012-10-26 15:17:14
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