应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » Vasp NEB 计算前原子排序脚本
91/1返回列表
查看: 2522  |  回复: 8
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

043114076

木虫 (正式写手)

[交流] Vasp NEB 计算前原子排序脚本 已有6人参与

使用vasp NEB计算反应路径一般会使用nebmake.pl 进行插点生成一系列的POSCAR，常常会遇到初始结构和最终结构POSCAR的原子顺序并不一一对应的情况，这样插点就会出现结构混乱。我自己写了个排序的脚本用于自动排序，供大家参考使用：
使用方法：将下面的脚本拷贝到一个文件，比如pos_order.sh。根据自己的情况修改begin和end两个变量。运行：sh pos_order.sh POSCAR.start POSCAR.end
生成一个POSCAR.end.new。其中POSCAR.start 和POSCAR.end 是初始结构和最终结构，可以使用其他名字。
CODE:
#!/bin/bash

begin=9 #输入结构开始行号
end=133 #输入结构结束行号
headline=`awk "BEGIN{print $begin-1}"`
head -n $headline $2 > $2.new
awk -v begin=$begin -v end=$end '
    (FILENAME==ARGV[1])&&(FNR>=begin)&&(FNR<=end){x0[FNR]=$1;y0[FNR]=$2;z0[FNR]=$3}
    (FILENAME==ARGV[2])&&(FNR>=begin)&&(FNR<=end){x1[FNR]=$1;y1[FNR]=$2;z1[FNR]=$3}
     END{for(i=begin;i<=end;i=i+1){
          rmin=1;
          for(j=begin;j<=end;j=j+1){
            r=(x0[i]-x1[j])^2+(y0[i]-y1[j])^2+(z0[i]-z1[j])^2;
            if(r<rmin){rmin=r;nr=j}
            };
          x2[i]=x1[nr];y2[i]=y1[nr];z2[i]=z1[nr];
          printf("%9.6f%9.6f%9.6f\n",x2[i],y2[i],z2[i])
          };
        }' $1 $2 >> $2.new
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

量化软件 VASP软件从入门到高深

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

afan0012 wangscott

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2014-07-28 11:07:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

dujunhui

金虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
这么好的帖子，怎么没人顶
赞一下 回复此楼
2楼2014-09-15 11:10:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zb3ynf

银虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by dujunhui at 2014-09-15 11:10:04
这么好的帖子，怎么没人顶

无比感谢！！！！！！！！！！！！！
回复此楼
3楼2014-09-20 16:19:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

吕小强强

新虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
顶了  不过动力学的  FFF  TTT  都变没了 有影响吗
赞一下 回复此楼
4楼2015-02-07 09:22:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

043114076

木虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 吕小强强 at 2015-02-07 09:22:05
顶了  不过动力学的  FFF  TTT  都变没了 有影响吗

如果设定了Selective Dyanamic, 是有影响的. 不过稍微修改一下脚本就可以实现.
赞一下 回复此楼
5楼2015-02-09 08:57:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

吕小强强

新虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
5楼: Originally posted by 043114076 at 2015-02-09 08:57:37
如果设定了Selective Dyanamic, 是有影响的. 不过稍微修改一下脚本就可以实现....

挺好使，只是有些体系为什么产生的并不一一对应而且POSCAR.NEW转化成GIF后有些原子不见了，potcar估计也难对上那顺序，是不是那种路径不存在才会这样。

[ 发自小木虫客户端 ]
赞一下 回复此楼
6楼2015-02-10 00:00:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

抖抖豆豆
7楼2016-01-24 16:22:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

afan0012

木虫 (小有名气)
送红花一朵
多谢分享
回复此楼
8楼2016-01-25 19:44:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wangscott
送红花一朵
谢谢分享
9楼2022-05-27 22:55:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 043114076 的主题更新
91/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 286求调剂 +3 lemonzzn 2026-03-16 4/200 2026-03-16 20:13 by zhq0425
[考研] 中科院材料273求调剂 +4 yzydy 2026-03-15 4/200 2026-03-16 15:59 by Gaodh_82
[考研] 085600调剂 +5 漾漾123sun 2026-03-12 6/300 2026-03-16 15:58 by 漾漾123sun
[考研] 0703化学调剂，求各位老师收留 +8 秋有木北 2026-03-14 8/400 2026-03-16 15:21 by 哦哦123
[考研] 材料与化工专硕调剂 +3 heming3743 2026-03-16 3/150 2026-03-16 15:05 by peike
[考研] 一志愿华中师范071000，325求调剂 +6 RuitingC 2026-03-12 6/300 2026-03-16 14:50 by 可淡不可忘
[考研] 22408总分284求调剂 +3 InAspic 2026-03-13 3/150 2026-03-15 11:10 by zhq0425
[考研] 289求调剂 +4 这么名字咋样 2026-03-14 6/300 2026-03-14 18:58 by userper
[考研] 材料与化工（0856）304求B区调剂 +7 邱gl 2026-03-10 11/550 2026-03-14 12:18 by 邱gl
[考研] 211本，11408一志愿中科院277分，曾在中科院自动化所实习 +3 Losir 2026-03-12 3/150 2026-03-14 12:11 by 热情沙漠
[考研] 调剂 +3 13853210211 2026-03-10 3/150 2026-03-14 00:47 by JourneyLucky
[考研] 321求调剂 +3 CUcat 2026-03-10 3/150 2026-03-14 00:25 by JourneyLucky
[考研] 复试调剂 +9 Copy267 2026-03-10 9/450 2026-03-13 23:45 by userper
[考研] 0703化学调剂 +4 快乐的香蕉 2026-03-11 4/200 2026-03-13 22:41 by JourneyLucky
[考研] 材料工程调剂 +9 咪咪空空 2026-03-12 9/450 2026-03-13 22:05 by 星空星月
[考研] 332求调剂 +3 Zz版 2026-03-13 3/150 2026-03-13 20:36 by 18595523086
[考研] 310求调剂 +3 【上上签】 2026-03-11 3/150 2026-03-13 16:16 by JourneyLucky
[考研] 材料专硕274一志愿陕西师范大学求调剂 +4 薛云鹏 2026-03-13 4/200 2026-03-13 10:40 by 学员8dgXkO
[考研] 333求调剂 +3 152697 2026-03-12 4/200 2026-03-13 07:08 by Iveryant
[考研] 0857环境调剂 +5 熠熠_11 2026-03-10 5/250 2026-03-11 10:59 by wang_dand
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭