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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 寻找同源基因
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wang110224

新虫 (初入文坛)

[求助] 寻找同源基因已有1人参与

各位大神，大家好，最近想做一个物种的某几个基因，该物种在NCBI上已经有全基因组数据库，我想做的这几个基因已经在其他文献里有报道，能找到基因和蛋白的信息。
已知的rice中的基因：GenBank: AK072740.1
想寻找的同源基因的物种：morus
我用rice中的这个基因的蛋白去blast ncbi中morus的数据库，发现了很多相似的蛋白，但却发现这些蛋白找不到对应的gene！这个很奇怪，大家能帮我找到我想要的基因吗？
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科技源于生活
1楼2014-07-22 17:41:00
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
kx444555: 金币+3, extra 2014-07-23 09:18:59
1.morus是个属名，不是物种名
2.morus应该是双子叶植物，拟南芥中应该也有对应的基因，建议用拟南芥的基因去比对
3.比对时可以使用tblastx
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2楼2014-07-22 21:18:44
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wang110224

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by stone2239 at 2014-07-22 21:18:44
1.morus是个属名，不是物种名
2.morus应该是双子叶植物，拟南芥中应该也有对应的基因，建议用拟南芥的基因去比对
3.比对时可以使用tblastx

你好，我已经找到了同源性比较高的蛋白，但她的编码基因是什么呢？GenBank:EXB54963.1，
在蛋白描述楼里面有这样一句话：
”/coded_by="complement(join(KE344217.1:227827..228129,
                     KE344217.1:229387..230193))"“
请问这是什么意思呢？是这个基因序列的上面的两个片段共同编码这个蛋白？是不是要把这两段序列连起来，设计引物呢？
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科技源于生活
3楼2014-07-23 10:53:46
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