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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 角型分子如何构建？
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雪狼乖乖

木虫 (正式写手)

[求助] 角型分子如何构建？已有1人参与

我们知道水分子是角型的，如果将其中的一个氢换成Be，变成BeOH自由基，gaussian优化出来是直线型的。事实上，根据晶体结构的测试，Be-OH自由基是角型分子，如何能够通过高斯优化出角型的Be-OH?
利用Mopac却能得到和实验值吻合的角型Be-OH分子！
我曾经通过Fragment设置片段，指定O原子带有负电荷，Be原子带有正电荷，形成双离子自由基构型，然而gaussian并不理会这样的设置，依然优化出直线型分子。
这样的问题应该很普遍，希望能得到靠谱的答复。
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1楼2014-07-10 15:43:53
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
事实上，根据晶体结构的测试，Be-OH自由基是角型分子

据我所知，现在的单晶X射线衍射仪无法检测氢原子核。你看到的所有的单晶结构中的氢原子都是实验化学家乱加进去的

我肯定这一点
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2楼2014-07-11 15:25:49
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雪狼乖乖

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by yjcmwgk at 2014-07-11 15:25:49
事实上，根据晶体结构的测试，Be-OH自由基是角型分子

据我所知，现在的单晶X射线衍射仪无法检测氢原子核。你看到的所有的单晶结构中的氢原子都是实验化学家乱加进去的

我肯定这一点

分子构型会发生弯曲这确实是有争议的 比如二氧化碳是直线型分子，但是失去电子后，有可能会弯曲。对于类似的三原子体系的几何构型，我目前不知道怎么用gaussian处理了......
真心不想用MS去用晶体指标计算相关热力学参数
XRD是电子密度的测量手段，确实无法处理原子核，但化学键的角度应该没问题的。
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3楼2014-07-11 20:52:09
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主
引用回帖:
3楼: Originally posted by 雪狼乖乖 at 2014-07-11 20:52:09
分子构型会发生弯曲这确实是有争议的 比如二氧化碳是直线型分子，但是失去电子后，有可能会弯曲。对于类似的三原子体系的几何构型，我目前不知道怎么用gaussian处理了......
真心不想用MS去用晶体指标计算相关热力 ...

XRD是电子密度的测量手段，确实无法处理原子核，但化学键的角度应该没问题的

只有氢原子不能处理。所有的O-H键都是瞎画上去的，随便找个做测试晶体的人问问就知道啦

千万别相信cif文件里任何一个氢原子，也不要相信cif文件里任何一个O-H键的任何信息
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4楼2014-07-11 21:04:41
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zhangmt

至尊木虫 (著名写手)

我叫MT
“事实上，根据晶体结构的测试，Be-OH自由基是角型分子”
不是来应助的，就是想问问，自由基是如何形成晶体结构的，求科普。。。
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一群自以为正义凛然的年轻人将一切不能以科学解释的事情定性为封建迷信并大刀阔斧地进行消灭，其实这是修养不足学识浅薄的一种体现，也是可恶的偏执和愚蠢的自以
5楼2014-07-12 02:04:49
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主
引用回帖:
5楼: Originally posted by zhangmt at 2014-07-12 02:04:49
“事实上，根据晶体结构的测试，Be-OH自由基是角型分子”
不是来应助的，就是想问问，自由基是如何形成晶体结构的，求科普。。。

这一点我也怀疑过，但是我先前还有更重要的问题要提问，所以就没说
我觉得要么楼主没有真正看懂他手里的cif文件
要么实验化学工作者根本就是瞎弄了一个不合理的cif文件给楼主
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6楼2014-07-12 08:50:59
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主
雪狼，乖哦，把你的cif文件传给我，让俺鉴别一下这个惊天地泣鬼神的cif文件吧
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7楼2014-07-12 08:51:53
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雪狼乖乖

木虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by zhangmt at 2014-07-12 02:04:49
“事实上，根据晶体结构的测试，Be-OH自由基是角型分子”
不是来应助的，就是想问问，自由基是如何形成晶体结构的，求科普。。。

4K温度下，用氩、氖等稀有气体速冷，形成单晶，此时这些自由基会平行于晶面或者垂直于晶面，亦或混乱排列，加定向磁场进行测试，我在第一个帖子里没说是XRD，这里用的方法是电子顺磁，
Knight, L. B.; Wise, M. B.; Davidson, E. R.; Mcmurchie, L. E. Journal of Chemical Physics 1982, 76, 126.  测量的是BO自由基，自由基测量过程说明得较清楚
103J. M. Brom, Jr. and W. Weltner, Jr., J. Chem. Phys. 64, 3894 (1976).测量的是BeOH
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8楼2014-07-12 09:44:49
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雪狼乖乖

木虫 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by yjcmwgk at 2014-07-12 08:51:53
雪狼，乖哦，把你的cif文件传给我，让俺鉴别一下这个惊天地泣鬼神的cif文件吧

这是HCCN radical 的两种构型，我不知道如何通过gaussian分别进行计算。
文献中只是做了个角度扫描，也许这两种角型分子都不是最稳定的构型吧
角型分子如何构建？
无标题.jpg
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9楼2014-07-12 13:53:15
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