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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 角型分子如何构建？
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雪狼乖乖

木虫 (正式写手)

[求助] 角型分子如何构建？ 已有1人参与

我们知道水分子是角型的，如果将其中的一个氢换成Be，变成BeOH自由基，gaussian优化出来是直线型的。事实上，根据晶体结构的测试，Be-OH自由基是角型分子，如何能够通过高斯优化出角型的Be-OH?
利用Mopac却能得到和实验值吻合的角型Be-OH分子！
我曾经通过Fragment设置片段，指定O原子带有负电荷，Be原子带有正电荷，形成双离子自由基构型，然而gaussian并不理会这样的设置，依然优化出直线型分子。
这样的问题应该很普遍，希望能得到靠谱的答复。
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1楼 2014-07-10 15:43:53
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主
雪狼，乖哦，把你的cif文件传给我，让俺鉴别一下这个惊天地泣鬼神的cif文件吧
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7楼2014-07-12 08:51:53
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
事实上，根据晶体结构的测试，Be-OH自由基是角型分子

据我所知，现在的单晶X射线衍射仪无法检测氢原子核。你看到的所有的单晶结构中的氢原子都是实验化学家乱加进去的

我肯定这一点
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2楼2014-07-11 15:25:49
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雪狼乖乖

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by yjcmwgk at 2014-07-11 15:25:49
事实上，根据晶体结构的测试，Be-OH自由基是角型分子

据我所知，现在的单晶X射线衍射仪无法检测氢原子核。你看到的所有的单晶结构中的氢原子都是实验化学家乱加进去的

我肯定这一点

分子构型会发生弯曲这确实是有争议的 比如二氧化碳是直线型分子，但是失去电子后，有可能会弯曲。对于类似的三原子体系的几何构型，我目前不知道怎么用gaussian处理了......
真心不想用MS去用晶体指标计算相关热力学参数
XRD是电子密度的测量手段，确实无法处理原子核，但化学键的角度应该没问题的。
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3楼2014-07-11 20:52:09
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主
引用回帖:
3楼: Originally posted by 雪狼乖乖 at 2014-07-11 20:52:09
分子构型会发生弯曲这确实是有争议的 比如二氧化碳是直线型分子，但是失去电子后，有可能会弯曲。对于类似的三原子体系的几何构型，我目前不知道怎么用gaussian处理了......
真心不想用MS去用晶体指标计算相关热力 ...

XRD是电子密度的测量手段，确实无法处理原子核，但化学键的角度应该没问题的

只有氢原子不能处理。所有的O-H键都是瞎画上去的，随便找个做测试晶体的人问问就知道啦

千万别相信cif文件里任何一个氢原子，也不要相信cif文件里任何一个O-H键的任何信息
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4楼2014-07-11 21:04:41
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