应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » sybyl构建分子
121/2返回列表12下一页
查看: 1683  |  回复: 11
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

lid5251

新虫 (小有名气)

[求助] sybyl构建分子

请问各位大侠，我用sybyl构建十肽分子，能力优化后肽卷曲的总是很严重，主要是两端由于氨基和羧基带有相反的电荷相互吸引，再对接的时候不能与受体很好的配对，请问这种情况怎样可以避免？比如是否可以通过端基保护，假如端基保护了会不会影响对接结果呢？？
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

sybyl

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2012-06-13 09:25:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

renjinhong

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
lid5251: 金币+2 2012-06-15 08:22:29
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-06-16 08:07:46
能量优化时先固定所有重原子，只优化氢原子; 然后固定主链，优化侧链；最后整个体系进行优化，看看行不行。
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2012-06-14 20:06:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

yghu123

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币-5, 没有应助不要点应助回帖 2012-06-14 09:01:55
能否把sybyl软件安装程序给我用用，谢谢了！我的邮箱：ygh6686@yahoo.com.cn
赞一下 回复此楼
2楼2012-06-14 08:54:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lid5251

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by yghu123 at 2012-06-14 08:54:56
能否把sybyl软件安装程序给我用用，谢谢了！我的邮箱：ygh6686@yahoo.com.cn

不好意思，我们用的是一个工作站，不是我们实验室的，这个软件包我们是考不了的
赞一下 回复此楼
3楼2012-06-14 14:04:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lid5251

新虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by renjinhong at 2012-06-14 20:06:39
能量优化时先固定所有重原子，只优化氢原子; 然后固定主链，优化侧链；最后整个体系进行优化，看看行不行。

高手啊，还可以这样操作啊，呵呵，还有问题想请教一下，从pdb库里下载的多肽的结构文件，发现没有带电荷，而且各种氨基酸的质子化情况不同，请问1）如何在sybyl里给分子加电荷，直接在compute下的charge操作可以吗？2）质子化和去质子化怎么修改成自己需要的情况呢？这两个问题我一直没有得到答案，万分感谢！！
赞一下 回复此楼
5楼2012-06-15 08:26:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lid5251

新虫 (小有名气)
从pdb库里下载的多肽的结构文件，发现没有带电荷，而且各种氨基酸的质子化情况不同，请问1）如何在sybyl里给分子加电荷，直接在compute下的charge操作可以吗？2）质子化和去质子化怎么修改成自己需要的情况呢？这两个问题我一直没有得到答案，静等高手解答！！
赞一下 回复此楼
6楼2012-06-15 08:27:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

renjinhong

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-06-15 10:36:46
lid5251: 金币+2 2012-06-15 11:06:20
在biopolymer（如果我没拼写错的话）模块里的prepare structure有load charge和add hydrogens选项。专门针对大分子加电荷，加氢。
赞一下 回复此楼
7楼2012-06-15 10:33:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lid5251

新虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by renjinhong at 2012-06-15 10:33:06
在biopolymer（如果我没拼写错的话）模块里的prepare structure有load charge和add hydrogens选项。专门针对大分子加电荷，加氢。

哦，另外去质子化呢，比如酸性氨基酸在pH=7时应该解离去掉H，也是在biopolymer模块下吗？谢谢！
赞一下 回复此楼
8楼2012-06-15 11:06:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

renjinhong

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-06-15 16:00:34
对大分子的处理一般都在biopolymer模块中，质子化去质子化应该是在此模块中的Prepare structure > Set protonation type 里选择Protonated或是Deprotonated。
希望对你有帮助！
赞一下 回复此楼
9楼2012-06-15 15:37:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lid5251

新虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by renjinhong at 2012-06-15 15:37:43
对大分子的处理一般都在biopolymer模块中，质子化去质子化应该是在此模块中的Prepare structure > Set protonation type 里选择Protonated或是Deprotonated。
希望对你有帮助！

哦，你说的我试了，可能是因为版本不一样，我们用的sybyl里Prepare structure 下面没有 Set protonation type这一项
赞一下 回复此楼
10楼2012-06-15 16:19:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 lid5251 的主题更新
121/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 326求调剂 +3 诺贝尔化学奖觊� 2026-03-15 3/150 2026-03-16 13:51 by houyaoxu
[考研] 085600材料与化工 求调剂 +12 enenenhui 2026-03-13 13/650 2026-03-16 08:30 by Linda Hu
[考研] 311求调剂 +6 冬十三 2026-03-15 6/300 2026-03-16 08:00 by wang_dand
[基金申请] NSFC申报书里申请人简历中代表性论著还需要在申报书最后的附件里面再上传一遍吗 20+5 NSFC2026我来了 2026-03-10 14/700 2026-03-15 23:53 by 不负韶华的虎
[考博] 欢迎申博同学联系 +3 天道酬勤2026686 2026-03-10 7/350 2026-03-15 19:03 by 天道酬勤2026686
[考研] 255求调剂 +3 李嘉慧， 2026-03-12 4/200 2026-03-14 16:58 by 有只狸奴
[考研] 【0703化学调剂】-一志愿华中师范大学-六级475 +5 Becho359 2026-03-11 5/250 2026-03-14 11:35 by 哦哦123
[考研] 学硕285求调剂 +13 Wisjxn 2026-03-12 46/2300 2026-03-14 10:33 by JourneyLucky
[考研] 一志愿北京化工大学材料与化工296分求调剂 +16 稻妻小编 2026-03-09 18/900 2026-03-14 02:00 by JourneyLucky
[考研] 求调剂 +6 yfihxh 2026-03-09 6/300 2026-03-14 01:18 by JourneyLucky
[考研] 271求调剂 +10 生如夏花… 2026-03-11 10/500 2026-03-14 00:35 by 卖报员小雨
[考研] 311求调剂 +5 牛乳糖的卡卡 2026-03-10 5/250 2026-03-14 00:05 by JourneyLucky
[考研] 0703化学一志愿211 总分320求调剂 +5 玛卡巴卡啊哈 2026-03-11 5/250 2026-03-13 21:40 by JourneyLucky
[考研] 329求调剂 +3 miaodesi 2026-03-12 4/200 2026-03-13 20:53 by 18595523086
[考研] 26调剂/材料科学与工程/总分295/求收留 +9 2026调剂侠 2026-03-12 9/450 2026-03-13 20:46 by 18595523086
[考研] 求调剂 +5 一定有学上- 2026-03-12 5/250 2026-03-13 18:31 by ms629
[考研] 工科材料085601 279求调剂 +8 困于星晨 2026-03-12 10/500 2026-03-13 15:42 by ms629
[考研] 求调剂 +3 程雨杭 2026-03-12 3/150 2026-03-13 15:06 by JourneyLucky
[考研] 070303一志愿西北大学学硕310找调剂 +3 d如愿上岸 2026-03-12 5/250 2026-03-13 10:56 by houyaoxu
[考研] 调剂 +5 呵唔哦豁 2026-03-10 5/250 2026-03-10 22:00 by 28375m
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭