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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » sybyl构建分子
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lid5251

新虫 (小有名气)

[求助] sybyl构建分子

请问各位大侠，我用sybyl构建十肽分子，能力优化后肽卷曲的总是很严重，主要是两端由于氨基和羧基带有相反的电荷相互吸引，再对接的时候不能与受体很好的配对，请问这种情况怎样可以避免？比如是否可以通过端基保护，假如端基保护了会不会影响对接结果呢？？
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1楼 2012-06-13 09:25:55
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

renjinhong

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
lid5251: 金币+2 2012-06-15 08:22:29
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-06-16 08:07:46
能量优化时先固定所有重原子，只优化氢原子; 然后固定主链，优化侧链；最后整个体系进行优化，看看行不行。
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4楼2012-06-14 20:06:39
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yghu123

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币-5, 没有应助不要点应助回帖 2012-06-14 09:01:55
能否把sybyl软件安装程序给我用用，谢谢了！我的邮箱：ygh6686@yahoo.com.cn
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2楼2012-06-14 08:54:56
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lid5251

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by yghu123 at 2012-06-14 08:54:56
能否把sybyl软件安装程序给我用用，谢谢了！我的邮箱：ygh6686@yahoo.com.cn

不好意思，我们用的是一个工作站，不是我们实验室的，这个软件包我们是考不了的
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3楼2012-06-14 14:04:14
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lid5251

新虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by renjinhong at 2012-06-14 20:06:39
能量优化时先固定所有重原子，只优化氢原子; 然后固定主链，优化侧链；最后整个体系进行优化，看看行不行。

高手啊，还可以这样操作啊，呵呵，还有问题想请教一下，从pdb库里下载的多肽的结构文件，发现没有带电荷，而且各种氨基酸的质子化情况不同，请问1）如何在sybyl里给分子加电荷，直接在compute下的charge操作可以吗？2）质子化和去质子化怎么修改成自己需要的情况呢？这两个问题我一直没有得到答案，万分感谢！！
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5楼2012-06-15 08:26:51
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lid5251

新虫 (小有名气)
从pdb库里下载的多肽的结构文件，发现没有带电荷，而且各种氨基酸的质子化情况不同，请问1）如何在sybyl里给分子加电荷，直接在compute下的charge操作可以吗？2）质子化和去质子化怎么修改成自己需要的情况呢？这两个问题我一直没有得到答案，静等高手解答！！
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6楼2012-06-15 08:27:20
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renjinhong

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-06-15 10:36:46
lid5251: 金币+2 2012-06-15 11:06:20
在biopolymer（如果我没拼写错的话）模块里的prepare structure有load charge和add hydrogens选项。专门针对大分子加电荷，加氢。
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7楼2012-06-15 10:33:06
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lid5251

新虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by renjinhong at 2012-06-15 10:33:06
在biopolymer（如果我没拼写错的话）模块里的prepare structure有load charge和add hydrogens选项。专门针对大分子加电荷，加氢。

哦，另外去质子化呢，比如酸性氨基酸在pH=7时应该解离去掉H，也是在biopolymer模块下吗？谢谢！
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8楼2012-06-15 11:06:14
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renjinhong

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-06-15 16:00:34
对大分子的处理一般都在biopolymer模块中，质子化去质子化应该是在此模块中的Prepare structure > Set protonation type 里选择Protonated或是Deprotonated。
希望对你有帮助！
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9楼2012-06-15 15:37:43
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lid5251

新虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by renjinhong at 2012-06-15 15:37:43
对大分子的处理一般都在biopolymer模块中，质子化去质子化应该是在此模块中的Prepare structure > Set protonation type 里选择Protonated或是Deprotonated。
希望对你有帮助！

哦，你说的我试了，可能是因为版本不一样，我们用的sybyl里Prepare structure 下面没有 Set protonation type这一项
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10楼2012-06-15 16:19:30
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