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lid5251

新虫 (小有名气)

[求助] sybyl构建分子

请问各位大侠,我用sybyl构建十肽分子,能力优化后肽卷曲的总是很严重,主要是两端由于氨基和羧基带有相反的电荷相互吸引,再对接的时候不能与受体很好的配对,请问这种情况怎样可以避免?比如是否可以通过端基保护,假如端基保护了会不会影响对接结果呢??
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lid5251

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by yghu123 at 2012-06-14 08:54:56
能否把sybyl软件安装程序给我用用,谢谢了!我的邮箱:ygh6686@yahoo.com.cn

不好意思,我们用的是一个工作站,不是我们实验室的,这个软件包我们是考不了的
3楼2012-06-14 14:04:14
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yghu123

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
chaizhm: 金币-5, 没有应助不要点应助回帖 2012-06-14 09:01:55
能否把sybyl软件安装程序给我用用,谢谢了!我的邮箱:ygh6686@yahoo.com.cn
2楼2012-06-14 08:54:56
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renjinhong

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
lid5251: 金币+2 2012-06-15 08:22:29
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-06-16 08:07:46
能量优化时先固定所有重原子,只优化氢原子; 然后固定主链,优化侧链;最后整个体系进行优化,看看行不行。
4楼2012-06-14 20:06:39
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lid5251

新虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by renjinhong at 2012-06-14 20:06:39
能量优化时先固定所有重原子,只优化氢原子; 然后固定主链,优化侧链;最后整个体系进行优化,看看行不行。

高手啊,还可以这样操作啊,呵呵,还有问题想请教一下,从pdb库里下载的多肽的结构文件,发现没有带电荷,而且各种氨基酸的质子化情况不同,请问1)如何在sybyl里给分子加电荷,直接在compute下的charge操作可以吗?2)质子化和去质子化怎么修改成自己需要的情况呢?这两个问题我一直没有得到答案,万分感谢!!
5楼2012-06-15 08:26:51
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