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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » MD进行分子模拟关于计算键角张力的问题
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03010328

银虫 (正式写手)

[求助] MD进行分子模拟关于计算键角张力的问题 已有1人参与

我打算用分子动力学模拟基于DNA连接的纳米粒子的自组装，但是在构建初始化模型计算力场的时候，由于要考虑到DNA分子的刚性，所以在DNA链上必须要引入键角张力，其势能函数与弹簧振子的弹性势能一样，不过将距离换成键角，而通过粗粒化模型我们只知道相邻三个分子的三维空间坐标，现在问题来了，因为力是势能函数对位移的一阶负倒数，虽然可以通过余弦定理将键角张力势能函数中的键角转换成位移，可是如何将每个原子的受力求解出来，请神人赐教。
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梦のしずく
1楼 2013-09-23 09:25:26
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sciencejoy

新虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+2, 感谢指导！ 2013-11-22 15:31:27
与计算其他的力没有什么两样，对位移求导数
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2楼2013-09-23 09:56:55
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03010328

银虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by sciencejoy at 2013-09-23 09:56:55
与计算其他的力没有什么两样，对位移求导数

共价键中只有一个键，相应也只有一个位移，很容导出力；但是键角最终用位移表示出来后会含有三个位移，此时要求力的话，应该对哪一个位移求导呢？
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梦のしずく
3楼2013-09-23 14:50:18
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fhh2626

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2013-11-22 15:31:34
你自己编程计算？应该是将直角坐标转化为欧拉坐标之后对角度求导
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4楼2013-09-23 15:35:14
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03010328

银虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by fhh2626 at 2013-09-23 15:35:14
你自己编程计算？应该是将直角坐标转化为欧拉坐标之后对角度求导

因为没有源程序，老板让自己尝试着写，比如共价键、范德华力和LJ作用力对位移求导直可以导出来，但是键角张力是两个共价键的夹角的函数，即使用余弦定理通过三段位移表示出了键角，从而使键角张力变成了位移的函数，可是问题很明显啊，这时函数中出现了三个位移，我不知道对哪一个求导了？还望不吝赐教。
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梦のしずく
5楼2013-09-23 17:05:23
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03010328

银虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by fhh2626 at 2013-09-23 15:35:14
你自己编程计算？应该是将直角坐标转化为欧拉坐标之后对角度求导

就是这个问题整得头疼。
MD进行分子模拟关于计算键角张力的问题
1-3.jpg
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梦のしずく
6楼2013-09-23 17:12:45
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sciencejoy

新虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
月只蓝: 金币+1, 感谢指导！ 2013-11-22 15:31:46
引用回帖:
6楼: Originally posted by 03010328 at 2013-09-23 17:12:45
就是这个问题整得头疼。

1-3.jpg
...

求谁受力对谁求导
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7楼2013-09-23 20:47:02
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03010328

银虫 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by sciencejoy at 2013-09-23 20:47:02
求谁受力对谁求导...

我的第一想法是这样做，不过计算量会很大了。
MD进行分子模拟关于计算键角张力的问题-1
1-4.jpg
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梦のしずく
8楼2013-09-23 21:06:44
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sciencejoy

新虫 (著名写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 03010328 at 2013-09-23 21:06:44
我的第一想法是这样做，不过计算量会很大了。

1-4.jpg
...

当然不可以
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9楼2013-09-23 22:37:59
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03010328

银虫 (正式写手)
引用回帖:
9楼: Originally posted by sciencejoy at 2013-09-23 22:37:59
当然不可以...

话说一半，那你觉得应该怎么求导，想不到了，网上也搜不到，多多指点。
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梦のしずく
10楼2013-09-24 12:01:46
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