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fhh2626

木虫 (正式写手)

★ ★
月只蓝: 金币+2, 感谢指导! 2013-11-22 15:32:00
引用回帖:
6楼: Originally posted by 03010328 at 2013-09-23 17:12:45
就是这个问题整得头疼。

1-3.jpg
...

用欧拉坐标啊
MD进行分子模拟关于计算键角张力的问题
200px-Eulerangles.svg.png

11楼2013-09-24 17:24:27
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03010328

银虫 (正式写手)

引用回帖:
11楼: Originally posted by fhh2626 at 2013-09-24 17:24:27
用欧拉坐标啊

200px-Eulerangles.svg.png
...

能不能说的明白点,对你所说的欧拉坐标表示不太理解?这样还多出来三个角?
梦のしずく
12楼2013-09-24 17:37:48
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fhh2626

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2013-11-22 15:32:06
月只蓝: 金币+1, 感谢指导! 2013-11-24 10:52:51
http://zh.wikipedia.org/wiki/%E6%AC%A7%E6%8B%89%E8%A7%92

对于任何一种平面分子,都可以用这种方法实现
13楼2013-09-24 17:44:57
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fhh2626

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
月只蓝: 金币+1, 应助指数+1, 感谢指导! 2013-11-22 15:32:13
03010328: 金币+3, 有帮助, 谢谢! 2013-11-25 09:19:39
而且为什么要自己编程呢,你要编出个可以运行的MD程序没个一年半载的根本不大可能

你说的考虑DNA链的角张力,用NAMD中的user defined force就可以实现啊
14楼2013-09-24 17:48:00
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03010328

银虫 (正式写手)

内容已删除
梦のしずく
15楼2013-09-24 18:05:01
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huterx

金虫 (小有名气)

内容已删除
16楼2013-11-22 14:26:05
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03010328

银虫 (正式写手)

引用回帖:
16楼: Originally posted by huterx at 2013-11-22 14:26:05
自己写太嚣张了哥们...

没办法,苦命的娃。
梦のしずく
17楼2013-11-23 16:58:12
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绿遍山原

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

单纯角项很好算啊,知道中心原子和两个键矢量就行了。
假设中心原子是b,非中心原子是a,c
非中心原子a受力\partial{u(\theta)}/\partial{r_a}=\partial{u(\theta)}/\partial{\theta}*\partial{\theta}/\partial{r_a}=\partial{u(r_a)}/\partial{\theta}*rab^-1
rab是b-a键长,r_a是a原子坐标,u(\theta)是角项形式。
方向垂直于ba与abc平面法向构成的平面:就是沿ab x (ab x cb)方向
b原子受力用合力为零导出
要夢遊,不要催眠。
18楼2014-07-11 20:18:55
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