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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » MD进行分子模拟关于计算键角张力的问题
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fhh2626

木虫 (正式写手)
★ ★
月只蓝: 金币+2, 感谢指导！ 2013-11-22 15:32:00
引用回帖:
6楼: Originally posted by 03010328 at 2013-09-23 17:12:45
就是这个问题整得头疼。

1-3.jpg
...

用欧拉坐标啊
MD进行分子模拟关于计算键角张力的问题
200px-Eulerangles.svg.png
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11楼2013-09-24 17:24:27
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03010328

银虫 (正式写手)
引用回帖:
11楼: Originally posted by fhh2626 at 2013-09-24 17:24:27
用欧拉坐标啊

200px-Eulerangles.svg.png
...

能不能说的明白点，对你所说的欧拉坐标表示不太理解？这样还多出来三个角？
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梦のしずく
12楼2013-09-24 17:37:48
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fhh2626

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2013-11-22 15:32:06
月只蓝: 金币+1, 感谢指导！ 2013-11-24 10:52:51
http://zh.wikipedia.org/wiki/%E6%AC%A7%E6%8B%89%E8%A7%92

对于任何一种平面分子，都可以用这种方法实现
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13楼2013-09-24 17:44:57
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fhh2626

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
月只蓝: 金币+1, 应助指数+1, 感谢指导！ 2013-11-22 15:32:13
03010328: 金币+3, ★有帮助, 谢谢！ 2013-11-25 09:19:39
而且为什么要自己编程呢，你要编出个可以运行的MD程序没个一年半载的根本不大可能

你说的考虑DNA链的角张力，用NAMD中的user defined force就可以实现啊
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14楼2013-09-24 17:48:00
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03010328

银虫 (正式写手)
内容已删除
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梦のしずく
15楼2013-09-24 18:05:01
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huterx

金虫 (小有名气)
内容已删除
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16楼2013-11-22 14:26:05
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03010328

银虫 (正式写手)
引用回帖:
16楼: Originally posted by huterx at 2013-11-22 14:26:05
自己写太嚣张了哥们...

没办法，苦命的娃。
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梦のしずく
17楼2013-11-23 16:58:12
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绿遍山原

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

单纯角项很好算啊，知道中心原子和两个键矢量就行了。
假设中心原子是b，非中心原子是a,c
非中心原子a受力\partial{u(\theta)}/\partial{r_a}=\partial{u(\theta)}/\partial{\theta}*\partial{\theta}/\partial{r_a}=\partial{u(r_a)}/\partial{\theta}*rab^-1
rab是b-a键长,r_a是a原子坐标，u(\theta)是角项形式。
方向垂直于ba与abc平面法向构成的平面：就是沿ab x (ab x cb)方向
b原子受力用合力为零导出
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要夢遊，不要催眠。
18楼2014-07-11 20:18:55
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