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MD进行分子模拟关于计算键角张力的问题 已有1人参与
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| 我打算用分子动力学模拟基于DNA连接的纳米粒子的自组装，但是在构建初始化模型计算力场的时候，由于要考虑到DNA分子的刚性，所以在DNA链上必须要引入键角张力，其势能函数与弹簧振子的弹性势能一样，不过将距离换成键角，而通过粗粒化模型我们只知道相邻三个分子的三维空间坐标，现在问题来了，因为力是势能函数对位移的一阶负倒数，虽然可以通过余弦定理将键角张力势能函数中的键角转换成位移，可是如何将每个原子的受力求解出来，请神人赐教。 |
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【答案】应助回帖
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单纯角项很好算啊，知道中心原子和两个键矢量就行了。 假设中心原子是b，非中心原子是a,c 非中心原子a受力\partial{u(\theta)}/\partial{r_a}=\partial{u(\theta)}/\partial{\theta}*\partial{\theta}/\partial{r_a}=\partial{u(r_a)}/\partial{\theta}*rab^-1 rab是b-a键长,r_a是a原子坐标，u(\theta)是角项形式。 方向垂直于ba与abc平面法向构成的平面：就是沿ab x (ab x cb)方向 b原子受力用合力为零导出 |
18楼2014-07-11 20:18:55
sciencejoy
新虫 (著名写手)
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2楼2013-09-23 09:56:55
3楼2013-09-23 14:50:18
fhh2626
木虫 (正式写手)
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4楼2013-09-23 15:35:14