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MD进行分子模拟关于计算键角张力的问题 已有1人参与
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| 我打算用分子动力学模拟基于DNA连接的纳米粒子的自组装，但是在构建初始化模型计算力场的时候，由于要考虑到DNA分子的刚性，所以在DNA链上必须要引入键角张力，其势能函数与弹簧振子的弹性势能一样，不过将距离换成键角，而通过粗粒化模型我们只知道相邻三个分子的三维空间坐标，现在问题来了，因为力是势能函数对位移的一阶负倒数，虽然可以通过余弦定理将键角张力势能函数中的键角转换成位移，可是如何将每个原子的受力求解出来，请神人赐教。 |
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sciencejoy
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2楼2013-09-23 09:56:55
3楼2013-09-23 14:50:18
fhh2626
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4楼2013-09-23 15:35:14