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mungbean3881

金虫 (正式写手)

[交流] 关于引物末端为A/T的可行性 已有4人参与

交由生物公司测序,并设计引物,返回来大批量引物,好多引物的末端为A/T,开始没注意到,等投稿之后,审稿提出这个问题,怎么应答?既然引物末端A/T容易错配,为啥生物公司设计引物没注意到这一点?他们没有理由不清楚这一点啊?还是说理论上A/T不合适,实践中并无不妥?
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mungbean3881

金虫 (正式写手)

如果A/T容易错配,那直接将原来引物末端的A/T 去掉,还能扩增出一样的产物么?我是说如果末端即使为A/T,也能正常扩增的话。有没有谁试过引物末端去掉一两个碱基前后扩增结果的比较?
吃亏未必是祸,占便宜一定不是福
2楼2014-07-08 02:44:58
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shenqingch

银虫 (初入文坛)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
最后一个碱基去掉?合成的时候少一个不就完了,出现由于错配引起的非特异并不是由最后1-2个碱基决定的,相反3‘末端GC含量太高更容易错配。
北京漂人
10楼2014-08-27 08:33:27
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普通回帖

dehong1573

至尊木虫 (正式写手)

★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流! 2014-07-16 14:51:51
这没问题的吧,引物3‘端最好是G/C,不是也没太大关系,又不是单一碱基决定引物的退火的

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

科学永无止境,只有合作共享才能更好地……
3楼2014-07-08 08:00:05
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爱睡猪

金虫 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
审稿人还问这问题,什么杂志
ControlMyself
4楼2014-07-08 08:40:14
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mungbean3881

金虫 (正式写手)

送红花一朵
引用回帖:
3楼: Originally posted by dehong1573 at 2014-07-08 08:00:05
这没问题的吧,引物3‘端最好是G/C,不是也没太大关系,又不是单一碱基决定引物的退火的

但是既然审稿的提出这一问题,我怎么回答是好啊?
吃亏未必是祸,占便宜一定不是福
5楼2014-07-09 01:27:37
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mungbean3881

金虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 爱睡猪 at 2014-07-08 08:40:14
审稿人还问这问题,什么杂志

杂志一般般,但是好歹是个SCI啊,这个SCI至高的时代,没办法啊
吃亏未必是祸,占便宜一定不是福
6楼2014-07-09 01:29:04
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gyesang

荣誉版主 (著名写手)

优秀版主优秀版主


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
对这样的审稿人很无语,引物末端最好是G/C没错,但也不是绝对的
学术问题讨论咨询发邮件gyesang@163.com
7楼2014-07-16 14:53:21
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mungbean3881

金虫 (正式写手)

引用回帖:
7楼: Originally posted by gyesang at 2014-07-16 14:53:21
对这样的审稿人很无语,引物末端最好是G/C没错,但也不是绝对的

说明这个审稿人的理论知识还比较全面,但是没有实践经验
吃亏未必是祸,占便宜一定不是福
8楼2014-07-23 22:00:51
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mungbean3881

金虫 (正式写手)

再问一句,有没有人尝试过把引物最后一个碱基去掉,还能正常扩张增么?
吃亏未必是祸,占便宜一定不是福
9楼2014-07-23 22:02:08
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