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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » 关于引物末端为A/T的可行性
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mungbean3881

金虫 (正式写手)

[交流] 关于引物末端为A/T的可行性 已有4人参与

交由生物公司测序，并设计引物，返回来大批量引物，好多引物的末端为A/T，开始没注意到，等投稿之后，审稿提出这个问题，怎么应答？既然引物末端A/T容易错配，为啥生物公司设计引物没注意到这一点？他们没有理由不清楚这一点啊？还是说理论上A/T不合适，实践中并无不妥？
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吃亏未必是祸，占便宜一定不是福
1楼 2014-07-08 02:41:54
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shenqingch

银虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
最后一个碱基去掉？合成的时候少一个不就完了，出现由于错配引起的非特异并不是由最后1-2个碱基决定的，相反3‘末端GC含量太高更容易错配。
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北京漂人
10楼2014-08-27 08:33:27
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mungbean3881

金虫 (正式写手)
如果A/T容易错配，那直接将原来引物末端的A/T 去掉，还能扩增出一样的产物么？我是说如果末端即使为A/T，也能正常扩增的话。有没有谁试过引物末端去掉一两个碱基前后扩增结果的比较？
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吃亏未必是祸，占便宜一定不是福
2楼2014-07-08 02:44:58
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dehong1573

至尊木虫 (正式写手)
★ ★ ★
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gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流！ 2014-07-16 14:51:51
这没问题的吧，引物3‘端最好是G/C，不是也没太大关系，又不是单一碱基决定引物的退火的
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mungbean3881
科学永无止境,只有合作共享才能更好地……
3楼2014-07-08 08:00:05
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爱睡猪

金虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
审稿人还问这问题，什么杂志
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ControlMyself
4楼2014-07-08 08:40:14
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