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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 求助：如何批量获得基因的序列号
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yyang628

银虫 (初入文坛)

[求助] 求助：如何批量获得基因的序列号 已有1人参与

大家好！现在我需要从NCBI上批量获得基因的序列号，即有2千多个基因需要获得序列号（NCBI Reference Sequence），是号码，而不需要序列，现在只有gene symbol和对应的所属物种，如何获得对应的序列号，及其网址；就像http://www.bu.edu/nf-kb/gene-resources/target-genes/这里做的以NM_开头的序号。请大侠们帮帮忙，量太大了，不能手工处理吧
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1楼 2014-06-30 09:37:14
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飞约疯人院

专家顾问 (著名写手)

科学怪人

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gyesang: 金币+3, 鼓励回帖交流！ 2014-06-30 20:19:51
1，在PubMed搜索完成，
2，在Show后面的send to 后，选file，弹出框中Display后的格式改成MEDLINE，保存。
3，到Endnote，File-import-

Import Data file后，点choose file，找到刚才保存的文件，双击选中。
Import Option后，从下拉菜单选合适的Filter，这里是选PubMed（NLM）
（点Find会发现，提供了很多选项，要选择合适的，从comments里面可以看介绍。）
Duplicates是关于重复了的文献怎么处理的，可以选中Discard。
Text Translation：可以选No Translation。
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人生贵在行动，迟疑不决时，不妨先迈出小小一步。
2楼2014-06-30 10:07:25
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yyang628

银虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 飞约疯人院 at 2014-06-30 10:07:25
1，在PubMed搜索完成，
2，在Show后面的send to 后，选file，弹出框中Display后的格式改成MEDLINE，保存。
3，到Endnote，File-import-

Import Data file后，点choose file，找到刚才保存的文件，双击选中。
...

我问的不是如何管理文献，是如何查找gene symbol对应的序列号（NCBI Reference Sequence）也即Accession Number
赞一下 回复此楼
3楼2014-06-30 18:53:12
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jocking2000

铁虫 (小有名气)
同问。
但您这些基因应该有某种相似性，才可以检索到。
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4楼2014-07-02 15:56:09
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进化生物学

禁虫 (小有名气)
本帖内容被屏蔽
5楼2018-06-15 06:58:54
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