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dongyanbest

新虫 (初入文坛)

[求助] 为什么细菌基因组提取出来总是23K？ 已有4人参与

RT，提取到的细菌基因组进行琼脂糖电泳后，条带总在23K附近？请专业人士回复，最好能注明出处，写论文用，谢谢~
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1楼 2014-05-12 22:38:16
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yonglu

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
dongyanbest(西门吹雪170代发): 金币+2, 鼓励回帖交流 2014-05-13 17:57:40
首先有以下疑问：
1、最好附上电泳图：Marker用的是哪个？λ/HindIII DNA Marker？凝胶浓度及电泳条件？
2、gDNA上样量多少？
3、也许你所提取的细菌基因组大小就在23kb左右呢。
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www.southgene.com
2楼2014-05-13 14:26:11
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luwei13566

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
dongyanbest(西门吹雪170代发): 金币+1, 鼓励回帖交流 2014-05-13 17:57:47
Marker越靠上量程越大，一般基因组大小在marker最上面即可，而且基因组各种超螺旋缠绕都可能，大小在23K处很正常
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大家相互帮助哈
3楼2014-05-13 16:14:19
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Neo2000

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
你纠结在这个不是问题的问题，不应该啦，在琼脂糖胶上比较23k和24k的差别，貌似没有太多意义。

[ 发自小木虫客户端 ]
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4楼2014-05-13 17:34:48
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dongyanbest

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by yonglu at 2014-05-13 14:26:11
首先有以下疑问：
1、最好附上电泳图：Marker用的是哪个？λ/HindIII DNA Marker？凝胶浓度及电泳条件？
2、gDNA上样量多少？
3、也许你所提取的细菌基因组大小就在23kb左右呢。

我用的λ/HindIII DNA Marker，0.8%电泳，我的基因组是3.5M，已经测序完成了~只是现在在想为什么提取的基因组总是23K呢？求指点，谢谢~！
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5楼2014-05-15 19:43:55
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dongyanbest

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by luwei13566 at 2014-05-13 16:14:19
Marker越靠上量程越大，一般基因组大小在marker最上面即可，而且基因组各种超螺旋缠绕都可能，大小在23K处很正常

谢谢回复~这个大小确实是正常的，后续实验也挺顺利你的~我只是在想，是什么原来原因让它恰好是是23K这个大小呢？怎么解释呢？
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6楼2014-05-15 19:47:21
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hongrunge

铁杆木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
除非你用的是温和裂解法，一般的细菌DNA抽提方法由于提取过程中的剪切力等原因都会造成DNA链断裂，电泳条带大小都在23kb左右。这个是常识，你可以看下别人的文章，不用引用参考的。
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7楼2014-05-15 20:18:31
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luwei13566

木虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by dongyanbest at 2014-05-15 19:47:21
谢谢回复~这个大小确实是正常的，后续实验也挺顺利你的~我只是在想，是什么原来原因让它恰好是是23K这个大小呢？怎么解释呢？...

首先你怎么这么确定你的基因组大小就是23K呢，HandIII最下面两条带差400bp，然后依次向上，最上面的两条带之间都能差13K，量程差异已经很大了，你提的基因组在23K那条marker的上面吧，别看高那么一点，说不定就能再大30K呢？你的DNA既然已经超过量程就没法说出大小了，只能说大于23K。
其次，用Marker判断DNA大小仅限于简单线性的DNA，LZ你说说为啥质粒跑出来的电泳会比实际的低？3M的基因组如果没有大量的盘旋折叠细胞根本就装不下，折叠的形状就像一根长线你把它乱扯成的一坨的形状类似，这种形状不能用Marker来判断大小。而且你提的基因组肯定不是一条细带吧，而是一个范围内的拖带，这就是大量折叠的DNA的形式。
这里根本不用引用啥，提的基因组图片直接放上去，没人会在这里提问。
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dongyanbest
大家相互帮助哈
8楼2014-05-15 22:26:18
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dongyanbest

新虫 (初入文坛)
送红花一朵
引用回帖:
8楼: Originally posted by luwei13566 at 2014-05-15 22:26:18
首先你怎么这么确定你的基因组大小就是23K呢，HandIII最下面两条带差400bp，然后依次向上，最上面的两条带之间都能差13K，量程差异已经很大了，你提的基因组在23K那条marker的上面吧，别看高那么一点，说不定就能再 ...

谢谢您的回答，懂了~
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9楼2014-05-17 21:27:57
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