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凌宫雪

金虫 (初入文坛)

[求助] 请问如何判定是否为启动子序列呢？用什么软件分析？已有1人参与

欲克隆启动子，目前已克隆获得一段序列，请问如何判定是否为启动子序列呢？用什么软件分析？
plantcare？place？谢谢大神们的帮助！急急急急急。。。。。。
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SOFARSOGOOD!!!
1楼2014-04-24 20:24:01
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凌波丽

专家顾问 (知名作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
凌宫雪: 金币+20, THX~我来试试。就是PLACE不会用，也没有找到累死的教程什么的。。谢谢！！ 2014-05-03 16:00:00
如果已经克隆到一段貌似启动子片段，最简单的检验方法之一，把它接在一个已知的报道基因的前面，导入没有的启动子的载体，导入工程细胞看看是否能表达。
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4楼2014-04-26 22:34:57
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凌宫雪

金虫 (初入文坛)
还是没有人应助。。好焦虑。。
赞一下 回复此楼
SOFARSOGOOD!!!
2楼2014-04-26 15:32:43
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凌波丽

专家顾问 (知名作家)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
如何查找一段基因序列的启动子？
http://muchong.com/html/201306/6059230.html

如何找到启动子（转帖）

http://bbs.bbioo.com/thread-17771-1-1.html

我在NCBI上找到的基因并没有　启动子区，请问如何获得所需基因的启动子序列？

如何查找一个基因的启动子序列

定义：启动子是参与特定基因转录及其调控的DNA序列。包含核心启动子区域和调控区域。核心启动子区域产生基础水平的转录，调控区域能够对不同的环境条件作出应答，对基因的表达水平做出相应的调节。
    区域：启动子的范围非常大，可以包含转录起始位点上游2000bp，有些特定基因的转录区内部也存在着转录因子的结合位点，因此也属于启动子范围。


这项搜寻要从UCSC基因组浏览器开始，网址为http://genome.ucsc.edu/。以编码pendrin (PDS)的基因为例来说明上述问题。PDS与耳蜗的异常发育、感觉神经性听力下降以及弥散性甲状腺增大（甲状腺肿）有关。

　　进入UCSC的主页后，在Organism的下拉菜单中选择Human，然后点击Browser。使用者现在到了人类基因组浏览器入口。本例的搜寻很简单：在assembly的下拉菜单中选择Dec. 2001，在position框中键入pendrin，然后点击Submit。返回的页面结果显示一个已知的基因和两个mRNA序列。继续点击mRNA序列的登录号AF030880，出现包含这个mRNA区域的图解概要。为了获得这个区域更清晰的图像，点击紧靠zoom out的1.5X按钮。最后点击页面中部的reset all按钮，使各个路径的设置恢复默认状态。

　　然而，对于本例的搜寻目的来说，默认设置不是理想的设置。按照视图利用页面底部的Track Controls按纽，将一些路径设置为hide模式（即不显示），其他设置为dense模式（所有资料密集在一条直线上）；另一些路径设置为full模式（每个特征有一个分开的线条，最多达300）。在考虑这些路径内究竟存在那些资料之前，对这些路径的内容和表现做一个简要的讨论是必要的，许多这些讨论是由外界提供给UCSC的。下面是对基因预测方法的更进一步讨论，这些信息也可以在其他地方找到。

　　对于Known Genes（已知基因）和预测的基因路径来说，一般的惯例是以一个高的垂直线或块状表示每个编码外显子，以短的垂直线或块状表示5′端和3′端非翻译区。

　　起连接作用的内含子以非常细的线条表示。翻译的方向由沿着细线的箭头指示。

　　Known Genes来自LocusLink内的mRNA参照序列，已经利用BLAT程序将这些序列与基因组序列进行比对排列。

　　Acembly Gene Predictions With Alt-splicing路径是利用Acembly程序将人类mRNA和EST序列数据与人类基因组序列进行比对排列而来的。Acembly程序试图找到mRNA与基因组序列的最好的比对排列以及判断选择性剪接模型。假如有多于1个的基因模型具有统计学意义，则它们都全部显示出来。有关Acembly的更多信息可以在NCBI的网站找到（http://www.ncbi.nih.gov/IEB/Research/Acembly/）。

　　Ensembl Gene Predictions路径由Ensembl提供。Ensembl基因通过许多方法来预测，包括与已知mRNA和蛋白质进行同源性比较，ab initio基因预测使用GENSCAN和基因预测HMMs。 http://www.ebi.ac.uk/ensembl/

　　Fgenesh++ Gene Predictions路径通过寻找基因的结构特征来预测基因内部的外显子，例如剪接位点的给位和受位的结构特征，利用一种动态的程序算法推定编码区域和推定外显子5′端和3′端的内含子区域；这个方法也考虑到蛋白质相似性的资料。

　　Genscan Gene Predictions路径由GENSCAN方法衍生而来，通过这个方法，可以确定内含子、外显子、启动子区域和poly(A)信号。此时，这个方法并不期望查询的序列只出现1个基因，因此可以对部分基因或被基因之间的DNA分隔的多个基因进行准确的预测。

　　Human mRNAs from Genbank路径显示基因库的人类mRNAs与基因组序列的比对排列。

　　Spliced ESTs和Human EST路径显示来自GenBank的ESTs序列与基因组的序列对齐比较。由于ESTs通常代表了转录基因的片断，一个EST很有可能对应于某个外显子区。

　　最后，Repeating Elements by RepeatMasker这个路径显示的是重复元件，例如散在的或长或短的核元素(SINEs和LINEs)，长末端重复序列(LTRs)和低复杂性区域(http://repeatmasker.genome.washington.edu/cgi-bin/RepeatMasker)。一般来说，在将基因预测方法应用于核苷酸序列之前，需要去掉或掩饰这些成分。

　　回到视图显示的例子，可以看到大多数路径返回了几乎同样的基因预测结果。作为一个规则，通过多种方法预测的外显子提高了预测的正确率而不会出现“假阳性”结果。多数方法显示3′端非翻译区，以左侧大而短的块状表示。Acembly路径显示除了全长序列产物（如这个部分第3条线所示）之外还有3个可能的选择性剪接，其它大多数路径显示与此预测结果相符。Genscan路径从左、右方向往远处延伸：GENSCAN可以被用于预测多个基因。

　　尽管这些图解概要很有用，然而研究者更需要与这些垂直线或块状相对应的序列。以此为例，用Fgenesh++预测作为获得原始序列数据的基础，但不管选择哪个路径其步骤都是一样的。点击标有Fgenesh++ Gene Predictions的路径，出现的是一个描述预测的概要页面。

　　序列的区域与pendrin基因相似（从这个例子一开始就已经知道了）。给出了序列的大小及序列开始和结束的预测，并显示预测是以负链为基础的。想要获得序列，点击Genomic Sequence。使用者将被带到一个标题为Get Genomic Sequence Near Gene的查询页面，在这个页面上，可以获得转录物、编码区、启动子或转录物加启动子的序列。

　　点击Transcript返回的页面显示完整的转录子，外显子以大写字母表示。

　　点击Coding Region Only得到的是编码区,外显子以大写字母表示。

　　点击Transcript + Promoter，返回的页面显示的是在上述选择Transcript所获序列的5′端添加了启动子序列，以大写字母表示外显子。启动子的长度显示在文本框内。

　　点击Promoter返回的页面正好是启动子区.
记录下查找某条基因启动子序列的辛苦过程(转)
今天接到遥远老板的来电，急需查出某条基因的启动子序列，说他第二天早上就要，虽然搜到不少讲怎么找启动子的，但总是只言片语，我比较笨搞清别人的含义需要很长时间，于是把我折腾了一个白天，下面就记录下自己查找启动子的整个过程希望对后来的兄弟有点帮助：
  首先就是想直接查找有没有人做过这条基因的启动子，在pubmed中输入genename+promoter，返回15条记录，大概浏览了下摘要，很失望没有 ;

  接着就想看看有没有数据库可以直接给出启动子序列的，很幸运竟然发现一个极好的启动子搜索讲义网站，如下，http://inn.org.il/workshops/bgu/promoterworkshop.html
其中给出了查找启动子的一般步骤，并且列出了所要用到的工具，兴奋！

  第一步就是要找到基因确定基因所在基因组区域，其中列出很多网站，不过偶还是习惯genbank，在gene栏中search某个基因，不要搞错基因种属！进入后即可看到该基因的详细条目，别眼花，就点击右侧link栏的Map viewer链接，进入即可看到该基因在染色体上的形象定位，鼠标悬停在基因的起始位点时，即可在浏览器下方的状态栏中显示该位点在染色体上的明确定位，比如110997788，结合给出的基因跨度，比如110778899-117708899，即可大概确定该启动子在基因组中的大概定位，即110778899-110997788；

  第二步搞清楚基因组状态，我没搞太清楚，不过其中给的一个链接来查出启动子所在克隆（查出克隆号可以购买）http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/guide/mouse/
该链接中的clonefinder工具可以做到，只要提交你要查找的基因officialname就可以返回一个clonelist；

  第三步搜索启动子，其中可以用启动子数据库和启动子预测软件，当然如果启动子数据库中有最好，但很失望给出的数据库均不能查到！只好用启动子预测软件，使用了几个在线预测工具后觉得下面这个速度贼快，推荐http://www.cbs.dtu.dk/services/Promoter/
我把该基因的dna序列submit之后返回了很多个PolII识别位点，到底哪个是呢？我个人理解启动子应该是翻译起始位点附近，所以在这个dna序列中定位翻译起始位点即可找到最近的Highly likely prediction，那么怎么定位呢？利用blast2这个利器，只要把dna和mrna序列粘贴进去提交就ok，正好在翻译起始位点上游几百bp有个识别位点，ok！启动子序列就是翻译起始位点上游大概1kb长度的序列了！

哈哈，说了很多废话，不过感觉把我搜索的整个过程详细记录下来了，斗胆在这里献丑，希望朋友们别扔砖头，而且很多地方还值得探讨，so请大家指正！




常用启动子预测的分析网址  （转帖）
http://bip.weizmann.ac.il/toolbo ... ters.html#databases
http://www.fruitfly.org/seq_tools/promoter.html
http://sdmc.lit.org.sg/promoter/CGrich1_0/CGRICH.htm
http://www.gene-regulation.com/pub/programs.html#pmatch
http://ihome.cuhk.edu.hk/~b400559/arraysoft_pathway.html#Promoter
http://www.dna.affrc.go.jp/PLACE/signalup.html
http://intra.psb.ugent.be:8080/PlantCARE/
http://www.cbs.dtu.dk/services/Promoter/
http://bimas.dcrt.nih.gov/molbio/proscan/
http://thr.cit.nih.gov/molbio/signal/
http://molbiol-tools.ca/Promoters.htm
启动子分为细菌和真核生物的。
可以在线分析启动子和终止子。

Good Luck !
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3楼2014-04-26 22:31:30
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