应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » MS的力场选择
211/3返回列表123下一页
查看: 2744  |  回复: 20
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

staventchoke

铁杆木虫 (著名写手)

[求助] MS的力场选择 已有2人参与

本人进行小分子在聚合物晶胞的扩散行为研究，对聚合物晶胞进行能量最小化构想优化与动力学退火处理时，对于MS 6.0软件，有几个力场供选择：universal、compass、pcff 与Dreiding可供更使用，聚合物体系为丙烯酸酯类，之前用compsas力场，在做动力学松弛（dynamics）时，密度曲线波动大，请问高手们对于丙烯酸酯体系聚合物，到底用哪个力场合适呢？
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
大叔、博士、单身
1楼 2014-04-09 15:20:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+2, 感谢指导！ 2014-04-10 19:00:10
力场的话，聚合物用dreiding和pcff都行

密度曲线波动大的话不知道你选的什么系综和多少模拟时间，一般情况下，NPT系综，模拟时间足够长体系达到稳定时，密度是基本不变的了
赞一下 回复此楼
#有问题发论坛，不接受私聊#爱晶体，爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
2楼2014-04-09 15:42:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

staventchoke

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by pigrass at 2014-04-09 15:42:16
力场的话，聚合物用dreiding和pcff都行

密度曲线波动大的话不知道你选的什么系综和多少模拟时间，一般情况下，NPT系综，模拟时间足够长体系达到稳定时，密度是基本不变的了

选用的是NPT系统，聚合物为100个重复单元的甲基丙烯酸酯聚合物，在重复几何优化与退火处理后，在进行1000ps的dynamics，密度曲线波动有点大，继续做1000ps，感觉波动还是有点，是不是之前优化不够好呢？
赞一下 回复此楼
大叔、博士、单身
3楼2014-04-09 19:39:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪

【答案】应助回帖

★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2014-04-13 09:00:19
引用回帖:
3楼: Originally posted by staventchoke at 2014-04-09 19:39:46
选用的是NPT系统，聚合物为100个重复单元的甲基丙烯酸酯聚合物，在重复几何优化与退火处理后，在进行1000ps的dynamics，密度曲线波动有点大，继续做1000ps，感觉波动还是有点，是不是之前优化不够好呢？...

我刚看了下我的数据 好像说错了
几何优化和动力学模拟，结束的标识是能量趋近于平衡，energies.xcd图不波动就好了
赞一下 回复此楼
#有问题发论坛，不接受私聊#爱晶体，爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
4楼2014-04-09 19:47:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

staventchoke

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by pigrass at 2014-04-09 19:47:24
我刚看了下我的数据 好像说错了
几何优化和动力学模拟，结束的标识是能量趋近于平衡，energies.xcd图不波动就好了...

是的，我讲的是之后的Dynamics阶段，做动力学松弛时，密度曲线波动比较大
赞一下 回复此楼
大叔、博士、单身
5楼2014-04-09 19:56:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪
★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2014-04-13 09:00:29
引用回帖:
5楼: Originally posted by staventchoke at 2014-04-09 19:56:40
是的，我讲的是之后的Dynamics阶段，做动力学松弛时，密度曲线波动比较大...

这是我某次做的dynamic阶段 我觉得密度3%的波动还是可以接受的

MS的力场选择
赞一下 回复此楼
#有问题发论坛，不接受私聊#爱晶体，爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
6楼2014-04-09 20:13:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪
★
月只蓝: 金币+1, 感谢指导 2014-04-13 09:00:36
引用回帖:
6楼: Originally posted by pigrass at 2014-04-09 20:13:19
这是我某次做的dynamic阶段 我觉得密度3%的波动还是可以接受的

...

NPT做的差不多的时候可以把最后的结构用NVT平衡下，NVT是肯定密度恒定的
赞一下 回复此楼
#有问题发论坛，不接受私聊#爱晶体，爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
7楼2014-04-09 20:19:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

staventchoke

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by pigrass at 2014-04-09 20:13:19
这是我某次做的dynamic阶段 我觉得密度3%的波动还是可以接受的

...

体系的能量好小呀，你这是什么体系呢？
赞一下 回复此楼
大叔、博士、单身
8楼2014-04-09 20:55:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

staventchoke

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by pigrass at 2014-04-09 20:13:19
这是我某次做的dynamic阶段 我觉得密度3%的波动还是可以接受的

...

这是我做的结果
MS的力场选择-1
7 Density.jpg


MS的力场选择-2
7 Energies.jpg
赞一下 回复此楼
大叔、博士、单身
9楼2014-04-09 21:07:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

飞行鸟

至尊木虫 (文坛精英)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-04-10 19:01:11
可能time STEP 太长。 并且，本来你用的方法精度就低，可行度不高，波动正常
赞一下 回复此楼
快乐吧
10楼2014-04-09 21:30:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 staventchoke 的主题更新
211/3返回列表123下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 333求调剂 +6 87639 2026-03-21 10/500 2026-03-23 10:41 by Iveryant
[考研] 284求调剂 +6 Zhao anqi 2026-03-22 6/300 2026-03-23 09:23 by king123！
[考研] 一志愿北京化工大学 070300 学硕 336分 求调剂 +5 vv迷 2026-03-22 5/250 2026-03-23 07:36 by Iveryant
[考研] 298求调剂一志愿211 +3 上岸6666@ 2026-03-20 3/150 2026-03-22 15:50 by ColorlessPI
[考研] 305分求调剂（食品工程） +4 Sxy112 2026-03-21 6/300 2026-03-22 15:26 by 无懈可击111
[考研] 生物学调剂 +5 Surekei 2026-03-21 5/250 2026-03-22 14:39 by tcx007
[考研] 286分人工智能专业请求调剂愿意跨考！ +4 lemonzzn 2026-03-17 8/400 2026-03-21 22:49 by lemonzzn
[考研] 化学调剂 +5 yzysaa 2026-03-21 5/250 2026-03-21 22:12 by peike
[考研] 0805 316求调剂 +3 大雪深藏 2026-03-18 3/150 2026-03-21 18:55 by 学员8dgXkO
[考研] 求调剂 +3 13341 2026-03-20 3/150 2026-03-21 18:28 by 学员8dgXkO
[考研] 311求调剂 +3 勇敢的小吴 2026-03-20 3/150 2026-03-21 17:40 by ColorlessPI
[考研] 266求调剂 +3 哇呼哼呼哼 2026-03-20 3/150 2026-03-21 16:46 by barlinike
[考研] 279求调剂 +5 红衣隐官 2026-03-21 5/250 2026-03-21 14:59 by lature00
[考研] 307求调剂 +3 wyyyqx 2026-03-17 3/150 2026-03-21 03:20 by JourneyLucky
[考研] 材料工程（专）一志愿985 初试335求调剂 +3 hiloiy 2026-03-17 4/200 2026-03-21 03:04 by JourneyLucky
[考研] 化学求调剂 +4 临泽境llllll 2026-03-17 5/250 2026-03-21 02:23 by JourneyLucky
[考研] 0856调剂，是学校就去 +8 sllhht 2026-03-19 9/450 2026-03-20 14:25 by 无懈可击111
[考研] 085600材料与化工求调剂 +6 绪幸与子 2026-03-17 6/300 2026-03-19 13:27 by houyaoxu
[考研] 材料考研调剂 +3 xwt。 2026-03-19 3/150 2026-03-19 11:22 by w沐阳w
[考研] 【同济软件】软件（085405）考研求调剂 +3 2026eternal 2026-03-18 3/150 2026-03-18 19:09 by 搏击518
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭