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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » MS的力场选择
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staventchoke

铁杆木虫 (著名写手)

[求助] MS的力场选择 已有2人参与

本人进行小分子在聚合物晶胞的扩散行为研究，对聚合物晶胞进行能量最小化构想优化与动力学退火处理时，对于MS 6.0软件，有几个力场供选择：universal、compass、pcff 与Dreiding可供更使用，聚合物体系为丙烯酸酯类，之前用compsas力场，在做动力学松弛（dynamics）时，密度曲线波动大，请问高手们对于丙烯酸酯体系聚合物，到底用哪个力场合适呢？
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大叔、博士、单身
1楼 2014-04-09 15:20:10
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+2, 感谢指导！ 2014-04-10 19:00:10
力场的话，聚合物用dreiding和pcff都行

密度曲线波动大的话不知道你选的什么系综和多少模拟时间，一般情况下，NPT系综，模拟时间足够长体系达到稳定时，密度是基本不变的了
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#有问题发论坛，不接受私聊#爱晶体，爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
2楼2014-04-09 15:42:16
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staventchoke

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by pigrass at 2014-04-09 15:42:16
力场的话，聚合物用dreiding和pcff都行

密度曲线波动大的话不知道你选的什么系综和多少模拟时间，一般情况下，NPT系综，模拟时间足够长体系达到稳定时，密度是基本不变的了

选用的是NPT系统，聚合物为100个重复单元的甲基丙烯酸酯聚合物，在重复几何优化与退火处理后，在进行1000ps的dynamics，密度曲线波动有点大，继续做1000ps，感觉波动还是有点，是不是之前优化不够好呢？
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大叔、博士、单身
3楼2014-04-09 19:39:46
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪

【答案】应助回帖

★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2014-04-13 09:00:19
引用回帖:
3楼: Originally posted by staventchoke at 2014-04-09 19:39:46
选用的是NPT系统，聚合物为100个重复单元的甲基丙烯酸酯聚合物，在重复几何优化与退火处理后，在进行1000ps的dynamics，密度曲线波动有点大，继续做1000ps，感觉波动还是有点，是不是之前优化不够好呢？...

我刚看了下我的数据 好像说错了
几何优化和动力学模拟，结束的标识是能量趋近于平衡，energies.xcd图不波动就好了
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4楼2014-04-09 19:47:24
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staventchoke

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by pigrass at 2014-04-09 19:47:24
我刚看了下我的数据 好像说错了
几何优化和动力学模拟，结束的标识是能量趋近于平衡，energies.xcd图不波动就好了...

是的，我讲的是之后的Dynamics阶段，做动力学松弛时，密度曲线波动比较大
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大叔、博士、单身
5楼2014-04-09 19:56:40
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪
★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2014-04-13 09:00:29
引用回帖:
5楼: Originally posted by staventchoke at 2014-04-09 19:56:40
是的，我讲的是之后的Dynamics阶段，做动力学松弛时，密度曲线波动比较大...

这是我某次做的dynamic阶段 我觉得密度3%的波动还是可以接受的

MS的力场选择
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6楼2014-04-09 20:13:19
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪
★
月只蓝: 金币+1, 感谢指导 2014-04-13 09:00:36
引用回帖:
6楼: Originally posted by pigrass at 2014-04-09 20:13:19
这是我某次做的dynamic阶段 我觉得密度3%的波动还是可以接受的

...

NPT做的差不多的时候可以把最后的结构用NVT平衡下，NVT是肯定密度恒定的
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#有问题发论坛，不接受私聊#爱晶体，爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
7楼2014-04-09 20:19:42
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staventchoke

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by pigrass at 2014-04-09 20:13:19
这是我某次做的dynamic阶段 我觉得密度3%的波动还是可以接受的

...

体系的能量好小呀，你这是什么体系呢？
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大叔、博士、单身
8楼2014-04-09 20:55:58
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staventchoke

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by pigrass at 2014-04-09 20:13:19
这是我某次做的dynamic阶段 我觉得密度3%的波动还是可以接受的

...

这是我做的结果
MS的力场选择-1
7 Density.jpg


MS的力场选择-2
7 Energies.jpg
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大叔、博士、单身
9楼2014-04-09 21:07:13
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飞行鸟

至尊木虫 (文坛精英)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-04-10 19:01:11
可能time STEP 太长。 并且，本来你用的方法精度就低，可行度不高，波动正常
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快乐吧
10楼2014-04-09 21:30:09
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