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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 核酸提取 » 求分析琼脂糖凝胶电泳图
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linglingerl

金虫 (初入文坛)

[求助] 求分析琼脂糖凝胶电泳图 已有4人参与

求助各位大侠，我刚提取一次质粒，跑出来两条带，但是最下沿有不甚清晰地一条带，请问是为什么？如下图所示：
求分析琼脂糖凝胶电泳图

另外一个比较奇怪的的是，我把质粒用一系列浓度的DNase Ⅰ酶切之后跑电泳，上面两条带都没了，只剩下下面的模糊带，但是为什么会有两道黑带呢（如图2），那又是什么？PS：我用的是6× loading buffer双染料
求分析琼脂糖凝胶电泳图-1
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1楼 2014-03-09 19:43:06
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liuderong

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
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kx444555: 金币+3, 鼓励交流 2014-03-10 08:28:39
上面那幅图是质粒条带，质粒分超螺旋、线形和开环三种形态，电泳显示大小不一样，跑出两三条带很正常的。下面是没有完全降解的RNA。
下面那幅图的亮带应该是降解的DNA（或者混有RNA），两条黑带是溴酚蓝显色的结果，电泳时溴酚蓝加多了就是这种样子。第一个泳道黑带部分还隐约可见有亮带，那个应该就是质粒，其他泳道相同位置应该也有带的，只是量很少，还被溴酚蓝遮住了，所以看不到。
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2楼2014-03-09 20:26:00
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lvbobo823

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

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kx444555: 金币+3, 鼓励交流 2014-03-10 08:28:44
建议跑胶时加个Marker第一个图质粒有两条带很正常一条是线性化质粒，一条是超螺旋化质粒，最下面是你抽提质粒RNA或蛋白没有去除干净。第二图质粒被消化后这两条黑带是你的Loading buffer的带。
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hehe
3楼2014-03-09 21:16:12
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liulugang

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

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linglingerl(gyesang代发): 金币+3, 鼓励回帖交流！ 2014-03-31 16:08:13
质粒有三种构型。第一种是共价闭合环状DNA(covalently close circular DNA，ccc DNA)，它的两条链都保持完整的环状结构，通常呈超螺旋构型。第二种是开环DNA(open circularDNA，oc DNA)，它的双链中的一条保持完整的环状结构，另一条单链上有一到几个切口。第三种是线状DNA，这种质粒的双链断裂呈线状。这三种构型的同一种质粒在琼脂糖凝胶中电泳时，出现不同的迁移速率，走得最快的是超螺旋构型，其次是线性构型，最慢的是开环构型。
一般提质粒跑胶，都会出现3条带，质粒图上2条带很正常。
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4楼2014-03-10 10:01:30
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三蛰

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

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linglingerl(gyesang代发): 金币+2, 鼓励回帖交流！ 2014-03-31 16:08:23
黑带什么的都与你的质粒载体无关，现在你的问题时想办法加大酶切之后质粒的量，很明显这酶切之后的量根本不够后续实验。可以通过加大酶切体系来实现。
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我不会！
5楼2014-03-10 11:55:04
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