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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » gromacs蛋白模拟报错，，，求指导啊
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870277182

铁虫 (小有名气)

[求助] gromacs蛋白模拟报错，，，求指导啊 已有2人参与

Fatal error:
There is no domain decomposition for 10 nodes that is compatible with the given box and a minimum cell size of 1.09213 nm
Change the number of nodes or mdrun option -rcon or -dds or your LINCS settings
Look in the log file for details on the domain decomposition

在做一个蛋白的模拟，并行计算，提交了脚本后，在给出的MD.e23413文件里就是这样的错误，请大神指导，怎么回事啊，是我得盒子太小了？还是太大了？还是我用的节点太多了。。
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1楼 2014-03-08 16:40:46
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fangsteel

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
870277182: 金币+1, ★有帮助 2014-03-10 17:02:53
碰到过类似的问题，一般而言是系统的初始构象做的不够好。而且一般并行运行都是选择核数是16的倍数啊，怎么来了10个？
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gromacs
2楼2014-03-08 20:48:15
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旺仔小馒头01

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
870277182: 金币+2, ★★★很有帮助 2014-03-10 17:03:02
据我所知，可能有两种原因：
1. 模拟盒子太小，而你用的节点太多了，导致域分解无法进行。
2. 一般并行运行都是选择核数是4的倍数，这样计算效率会高一些（1:3）
  解决办法：
  先试试在mdrun命令后添加“-nt 1”指定单个线程或使用一个核，如果能正常跑可能就是盒子太小或域分解不合理， 可以适当加大模拟盒子或者指定域分解，如使用8个核并指定“-npme 2”。
     这方面我也不是很懂，以上意见，仅供参考~~~如有不当之处，还请指正~~~
赞一下 回复此楼
我也来这学习啦，希望大家多多指教。
3楼2014-03-09 10:17:02
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