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anyachan

木虫 (小有名气)

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[求助] gromacs 复合物小分子的处理

gromacs中的复合物动力学模拟，用GROMOS96力场，很多地方说在PRODRG中处理小分子，之后还要改下电荷分布分组什么的，怎么改呀，如果不改有什么影响吗？

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1楼 2014-02-28 16:12:21

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xueer小雯

金虫 (初入文坛)

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用高斯计算小分子电荷，再手动修改itp文件里的电荷，如果只用极性氢的化，把非极性氢的电荷合并到最近的重原子就可以啦。

3楼2014-03-14 10:41:48

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xueer小雯

金虫 (初入文坛)

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月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-03-15 08:21:57

用高斯计算小分子电荷，再手动修改itp文件里的电荷，如果只用极性氢的化，把非极性氢的电荷合并到最近的重原子就可以啦。

2楼2014-03-14 10:40:31

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