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汕头大学海洋科学接受调剂
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十万个不知道

新虫 (初入文坛)

[交流] 怎么查找一段序列的上下游的序列呢??????急急急!!! 已有6人参与

找到了基因的CDS区,想做巢式的pcr,怎么能找到它的上下游序列呢????
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Davidzjy

铁杆木虫 (正式写手)

★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
gyesang: 金币+3, 鼓励回帖交流! 2014-03-28 17:49:25
gyesang: 回帖置顶 2014-03-28 17:49:28
用基因组浏览器最方便了
http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgGateway
最上面一排选择好基因的信息 包括物种分类 物种名 基因组版本 位置 关键词 (后两个中随便填一个就行了)
找到你想要的基因之后
在图中你想要的基因的上点击右键 选择Get DNA for XXX(基因名)
之后会弹出一个窗口 在Sequence Retrieval Region Options下面就可以分别填写你需要的上下游序列长度
其他的选项可以先默认(以后慢慢研究吧)
点击最下面Get DNA就搞定了
最后是以FASTA格式输出的 右键另存为txt或者全选复制粘贴就行了
5楼2014-01-11 22:48:22
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gyesang

荣誉版主 (著名写手)

优秀版主优秀版主

★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
kx444555: 金币+1, 鼓励交流 2014-01-11 10:40:09
如果你这个物种的全基因组已经测序出来的话,NCBI网站就可以下载
学术问题讨论咨询发邮件gyesang@163.com
2楼2014-01-10 23:20:46
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seraph1943

金虫 (小有名气)

Blast

[ 发自小木虫客户端 ]
重剑无锋
4楼2014-01-11 21:41:31
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和尚51

铁虫 (小有名气)

UCSC就可以,

[ 发自小木虫客户端 ]
6楼2014-01-11 23:40:56
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