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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 怎么查找一段序列的上下游的序列呢？？？？？？急急急！！！
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十万个不知道

新虫 (初入文坛)

[交流] 怎么查找一段序列的上下游的序列呢？？？？？？急急急！！！ 已有6人参与

找到了基因的CDS区，想做巢式的pcr，怎么能找到它的上下游序列呢？？？？
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1楼 2014-01-10 21:39:23
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Davidzjy

铁杆木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
gyesang: 金币+3, 鼓励回帖交流！ 2014-03-28 17:49:25
gyesang: 回帖置顶 2014-03-28 17:49:28
用基因组浏览器最方便了
http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgGateway
最上面一排选择好基因的信息 包括物种分类 物种名 基因组版本 位置 关键词 （后两个中随便填一个就行了）
找到你想要的基因之后
在图中你想要的基因的上点击右键 选择Get DNA for XXX(基因名)
之后会弹出一个窗口 在Sequence Retrieval Region Options下面就可以分别填写你需要的上下游序列长度
其他的选项可以先默认（以后慢慢研究吧）
点击最下面Get DNA就搞定了
最后是以FASTA格式输出的 右键另存为txt或者全选复制粘贴就行了
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5楼2014-01-11 22:48:22
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gyesang

荣誉版主 (著名写手)

优秀版主优秀版主
★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
kx444555: 金币+1, 鼓励交流 2014-01-11 10:40:09
如果你这个物种的全基因组已经测序出来的话，NCBI网站就可以下载
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学术问题讨论咨询发邮件gyesang@163.com
2楼2014-01-10 23:20:46
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alicelchf

木虫 (著名写手)
blast
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修身、齐家、治国、平天下
3楼2014-01-11 09:58:55
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seraph1943

金虫 (小有名气)
Blast

[ 发自小木虫客户端 ]
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重剑无锋
4楼2014-01-11 21:41:31
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和尚51

铁虫 (小有名气)
UCSC就可以，

[ 发自小木虫客户端 ]
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6楼2014-01-11 23:40:56
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cocohappyle

银虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
可以通过Race获得

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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乐
7楼2014-01-14 16:45:41
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