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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 怎样设计与其他基因同源性较高的目的基因的特异性引物？
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hc42

木虫 (小有名气)

[求助] 怎样设计与其他基因同源性较高的目的基因的特异性引物？ 已有2人参与

本人想扩某个基因的特异性引物，这个基因进行blast后与其他2-3个基因在中间近500bp的区域同源性达到了85%-90%，只有开始30个bp，和后面近230bp的区域是独有的，请问我设计特异性引物是不是只能在这230bp当中设计呢（后续要做荧光）？我已设计了两对但都跑出来都有杂带，求教各位大神我现在该怎么设计呢？中间同源性高的区域我是不是只能避免呢？
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1楼 2014-01-06 17:03:21
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shiliyusly

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
kx444555: 金币+3, 鼓励交流 2014-01-07 08:46:26
hc42: 金币+8, ★有帮助 2014-02-25 09:54:25
建议可以先不管同源区域，设计几对质量较高的引物，做普通PCR拿去测序验证。不一定P出来的就是其他物种的基因
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2楼2014-01-06 18:55:44
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asr

荣誉版主 (知名作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
kx444555: 金币+2, 鼓励交流 2014-01-07 08:46:31
hc42: 金币+2, ★有帮助 2014-02-25 09:54:33
尽量避开同源区。 如果序列一样的话，肯定能扩出来了。
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思想极度邪恶，勿怕勿怪！\(^o^)/~
3楼2014-01-06 19:58:57
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