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抹脖丧

新虫 (初入文坛)

[求助] 求高人指点,为什么我的DGGE图总是这样已有2人参与

6%的胶,20-45%的变性梯度,片段330bp
求高人指点,为什么我的DGGE图总是这样
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gyl121

新虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
gyesang: 金币+2, 鼓励交流! 2014-01-05 15:13:45
楼主,你应该把你的引物图谱也亮出来,这样才能看到更多的问题,才能排除;
  DNA模板的浓度问题,模板纯度问题抑或有引物配比问题,没能形成特定条带
不经一番寒彻骨,怎得梅花扑鼻香?为科学进步不懈努力
2楼2014-01-05 13:18:03
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抹脖丧

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by gyl121 at 2014-01-05 13:18:03
楼主,你应该把你的引物图谱也亮出来,这样才能看到更多的问题,才能排除;
  DNA模板的浓度问题,模板纯度问题抑或有引物配比问题,没能形成特定条带

谢谢你!PCR完跑琼脂糖胶条带清晰而且很亮,模板的浓度都是一百多,个别有二百多的(ng/微升),纯度用nanodrop测得都介于1.8-1.9之间(260/280)。
只有一次,我把CR产物纯化之后再跑胶,图片条带很清楚,但是所有泳道都一样了。都没有继续下去的动力了,不知道哪里出了问题
3楼2014-01-06 08:49:45
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gyl121

新虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
kx444555: 金币+3, 鼓励交流 2014-01-09 08:56:17
慢慢来嘛,我目前也碰到不少问题,你的模板是没问题的了,你应该注意体系,引物,酶等,这些也是很重要的,引物是自己设计的吗?听你的意思,好像是要找各样品不同的条带,多态性是吧?
不经一番寒彻骨,怎得梅花扑鼻香?为科学进步不懈努力
4楼2014-01-07 10:32:37
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sdxlwxs

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
kx444555: 金币+2, 鼓励交流 2014-01-09 08:56:21
变性梯度选择的范围不合适吧,明显都跑到下面去了
5楼2014-01-07 11:13:24
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抹脖丧

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by gyl121 at 2014-01-07 10:32:37
慢慢来嘛,我目前也碰到不少问题,你的模板是没问题的了,你应该注意体系,引物,酶等,这些也是很重要的,引物是自己设计的吗?听你的意思,好像是要找各样品不同的条带,多态性是吧?

又试了一下同一块胶上跑纯化的和不纯化的,纯化的很清楚,初步推测是我用的酶不合适,下次换个酶试试
引物是我自己设计的,GC夹是文献上的,
是要看多态性
你用的是什么酶呀?
6楼2014-01-08 18:19:46
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淼淼兮

新虫 (初入文坛)

我也准备做DGGE请问前辈 PCR产物是怎么纯化的 切胶回收?
7楼2014-01-12 10:42:45
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抹脖丧

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
7楼: Originally posted by 淼淼兮 at 2014-01-12 10:42:45
我也准备做DGGE请问前辈 PCR产物是怎么纯化的 切胶回收?

不需要纯化,我是病急乱投医,是在找不到原因了,就想是不是PCR时用的mix不合适呢,所以切胶回收又跑了一下。你要做好失败的心理准备,而且是多次失败,祝你好运!
8楼2014-01-14 19:34:52
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