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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 实验/技术 » 请教T-RFLP的数据分析方法？
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久久季雨

木虫 (正式写手)

[求助] 请教T-RFLP的数据分析方法？ 已有3人参与

想请教各位木虫们，T-RFLP的数据怎么处理，怎么判断能不能用？
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我就是我！带不了假面具
1楼 2014-01-03 17:35:13
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

j2

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
数据跟RDP数据库比较出结果。怎么叫能不能用？
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修炼ｉｎｇ，当虫仙……
2楼2014-01-04 09:22:14
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j2

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
dllchina: 金币+2, 谢谢热心应助 2014-03-02 12:02:15
引用回帖:
3楼: Originally posted by 久久季雨 at 2014-01-04 10:23:14
因为我做出来的片段比较少。怎么对比啊，我试过了，不知道哪个forwardand reverse fragment 什么意思？什么结果是forward fragment？...

看你把荧光放上游引物还是下游引物了，上游就是f下游是r

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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修炼ｉｎｇ，当虫仙……
4楼2014-01-05 08:51:52
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j2

木虫 (正式写手)
★ ★
久久季雨(dllchina代发): 金币+2, 谢谢热心应助 2014-03-03 09:15:40
引用回帖:
6楼: Originally posted by tllcu at 2014-03-01 08:12:53
你好，我也正在用t-rflp，有一问题想请教，我现在遇到的问题是酶切之后跑不出条带，这个跟跑胶的条件有没有关系？...

可能是量少，看不出来，只看到弥散的一段，测序能测出来的
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修炼ｉｎｇ，当虫仙……
7楼2014-03-02 08:49:18
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j2

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
9楼: Originally posted by woshizhufeng at 2014-08-21 10:11:45
你好！我现在的T-RFLP的结果出来了， 是双酶切，用http://mica.ibest.uidaho.edu/runtrflp.php分析数据。
引物和酶都需要自己输入，但是提交后，总是提示错误，是怎么回事，请指教...

是哪段引物加的标记？

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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修炼ｉｎｇ，当虫仙……
10楼2014-08-22 19:55:56
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j2

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
11楼: Originally posted by woshizhufeng at 2014-08-23 09:39:10
上游引物标记的 Fam 标记...

mica上trflp有两个，选单标记那个。填入引物和酶，选择下面对应的库，导出来就好了。或者你可以用rdp那个网，给网络联系上留那个邮箱发邮件，把引物，酶，扩增的哪段基因，标记告诉他们，他们会回邮件提供给你数据，你自己分析就好了

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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修炼ｉｎｇ，当虫仙……
12楼2014-08-23 11:55:56
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j2

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

内容已删除
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修炼ｉｎｇ，当虫仙……
15楼2014-09-20 18:38:19
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j2

木虫 (正式写手)
引用回帖:
16楼: Originally posted by woshizhufeng at 2014-09-24 22:22:31
我看文章里都要做这个 也是分析样品之间的差异吧...

样品间多样性的差异？

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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修炼ｉｎｇ，当虫仙……
17楼2014-09-26 21:55:30
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woshizhufeng

新虫 (小有名气)
引用回帖:
10楼: Originally posted by j2 at 2014-08-22 19:55:56
是哪段引物加的标记？
...

是上游引物加的标记 选择的内切酶在mica里没有 需要自己输入 但是输入后就出现错误。着急啊，请您指教啊
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18楼2014-10-02 13:53:37
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peterrjp

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

如果T-RFLP图很漂亮，峰又不太多，不同处理之间差异很明显，可以直接贴图，把每个峰的T-RF长度标上去方便在正文中讨论，最好在图注里标明每个峰代表什么生物。稳定同位素标记-密度梯度离心的T-RFLP结果适合这种图片呈现方法，很直观。
如果不符合上述要求，则需整理T-RFLP的原始数据，统计每个峰在每个样品中的峰高比例（即该T-RF在该样品的总峰高中所占比例）。然后做散点图或折线图呈现结果。
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19楼2014-10-25 15:27:02
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普通回帖

久久季雨

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by j2 at 2014-01-04 09:22:14
数据跟RDP数据库比较出结果。怎么叫能不能用？

因为我做出来的片段比较少。怎么对比啊，我试过了，不知道哪个forwardand reverse fragment 什么意思？什么结果是forward fragment？
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我就是我！带不了假面具
3楼2014-01-04 10:23:14
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久久季雨

木虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by j2 at 2014-01-05 08:51:52
看你把荧光放上游引物还是下游引物了，上游就是f下游是r
...

能不能加你QQ详细请教啊？
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我就是我！带不了假面具
5楼2014-01-05 17:37:07
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tllcu

木虫 (小有名气)
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2楼: Originally posted by j2 at 2014-01-04 09:22:14
数据跟RDP数据库比较出结果。怎么叫能不能用？

你好，我也正在用t-rflp，有一问题想请教，我现在遇到的问题是酶切之后跑不出条带，这个跟跑胶的条件有没有关系？
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6楼2014-03-01 08:12:53
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tllcu

木虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by j2 at 2014-03-02 08:49:18
可能是量少，看不出来，只看到弥散的一段，测序能测出来的...

你当初用什么条件电泳的呢，我指的是胶浓度、电泳电压和时间？
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8楼2014-03-03 08:01:26
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woshizhufeng

新虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by j2 at 2014-01-05 08:51:52
看你把荧光放上游引物还是下游引物了，上游就是f下游是r
...

你好！我现在的T-RFLP的结果出来了， 是双酶切，用http://mica.ibest.uidaho.edu/runtrflp.php分析数据。
引物和酶都需要自己输入，但是提交后，总是提示错误，是怎么回事，请指教
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9楼2014-08-21 10:11:45
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