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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 测序结果找不到引物
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柠檬可乐星

新虫 (小有名气)

[交流] 测序结果找不到引物

各位大神：我是做系统发育的，新手一枚，之前测了几个种的18S片段，大约1000bp，双向测序，是克隆后测序的。结果有一些能从测序结果中找到上游和下游引物，但大部分只能找到上游 或者下游引物，有的甚至上游和下游都找不到。但是在NCBI里blast，能确定这些是我做的属的。在网上看到不同的说法，有的说找不到引物说明没测通，有的说找不到引物属于正常，因为开头一二十个碱基经常测不准。所以我有三个疑问：
1、到底应该怎么看待测序结果中找不到引物序列这个问题？
2、这些序列可以用吗？
3、只看NCBI里blast的结果可靠吗？
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1楼 2013-12-25 14:11:10
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huahu3600

新虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★ ★ ★
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柠檬可乐星: 金币+5 2013-12-26 16:28:41
引用回帖:
3楼: Originally posted by 柠檬可乐星 at 2013-12-25 15:31:50
感谢您的指点，有一点忘记说了，我测序是用的通用引物，如果这样还找不到我自己的引物序列，是不是就不正常了呢？...

那有可能通用引物离多克隆位点区太近了
你可以再往上游找找引物

呵呵，不要那么快否定实验结果。就算是这样，也有可能正常，比如可以结合下游的测序结果。
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4楼2013-12-25 15:42:21
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huahu3600

新虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
kx444555: 金币+4, 鼓励交流 2013-12-26 08:33:18
1，测序结果里面找不到该反应的测序引物是正常的
2，序列只要峰图正常就可以用，不过，一般头尾都会有杂峰等等
3，可靠的，

另外，给你个建议，可以用载体上的通用引物测序，这样，你整个片段的序列都可以看到了。
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2楼2013-12-25 15:10:01
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柠檬可乐星

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by huahu3600 at 2013-12-25 15:10:01
1，测序结果里面找不到该反应的测序引物是正常的
2，序列只要峰图正常就可以用，不过，一般头尾都会有杂峰等等
3，可靠的，

另外，给你个建议，可以用载体上的通用引物测序，这样，你整个片段的序列都可以看到 ...

感谢您的指点，有一点忘记说了，我测序是用的通用引物，如果这样还找不到我自己的引物序列，是不是就不正常了呢？
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3楼2013-12-25 15:31:50
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柠檬可乐星

新虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by huahu3600 at 2013-12-25 15:42:21
那有可能通用引物离多克隆位点区太近了
你可以再往上游找找引物

呵呵，不要那么快否定实验结果。就算是这样，也有可能正常，比如可以结合下游的测序结果。...

非常非常感谢您！
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5楼2013-12-25 16:15:29
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