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seven拂晓

新虫 (初入文坛)

[求助] T载体测序 已有2人参与

我把大约300多bp的片段与PMD18-T连接起来之后，送到测序公司测序。可是返回的结果却找不到片段的后引物了，大家知不知道这是怎么回事？
     测序时是从哪个部分开始测呢？
     我测序选的是M13F 单向测序
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1楼 2014-03-30 10:15:01
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tu475575025

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

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myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰手有余香，分子生物期待你更多精彩。 2014-03-30 16:51:05
seven拂晓: 金币+1 2014-04-01 09:40:57
是正向测序，就可以直接找到上游的引物，下游引物要转化为反向互补序列后再到正向测序的序列里去找才能找到。不知道楼主注意这个小问题没有。
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2楼2014-03-30 10:56:13
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seven拂晓

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by tu475575025 at 2014-03-30 10:56:13
是正向测序，就可以直接找到上游的引物，下游引物要转化为反向互补序列后再到正向测序的序列里去找才能找到。不知道楼主注意这个小问题没有。

比对的时候 有把下游引物反向互补 结果找不到
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3楼2014-03-30 10:58:10
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liuderong

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰手有余香，分子生物期待你更多精彩。 2014-03-30 16:51:13
seven拂晓: 金币+1 2014-04-01 09:40:43
测序的时候引物序列和开头50左右bp是测不出来的。
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4楼2014-03-30 16:05:55
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tu475575025

新虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by seven拂晓 at 2014-03-30 10:58:10
比对的时候 有把下游引物反向互补 结果找不到...

做T载测序之前有用这对引物p出产物吗，如果有，那就是测序时下游这一端包括引物这一段做拼接时被去掉了 你可以看看下游有没有载体的序列
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5楼2014-04-02 17:22:56
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