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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 综合其他 » BLAST序列比对中的覆盖率问题
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smile901018

金虫 (小有名气)

[求助] BLAST序列比对中的覆盖率问题 已有4人参与

我想请教各位大神，我在NCBI上进行序列比对后发现覆盖率很低，都只有45%左右，但ident还行有98%，我想问这样做比对的序列还有意义吗？用它来做鉴定可不可靠，我做的是真菌ITS序列，有1100bp左右～请各位指教，下面附件是比对出来的图
BLAST序列比对中的覆盖率问题
360软件小助手截图20131215101934.jpg
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1楼 2013-12-15 10:55:24
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wwjinx

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
laozuzunzhe: 金币+1, 鼓励应助！ 2013-12-16 11:52:58
smile901018: 金币+1 2013-12-19 10:30:57
smile901018: 金币+2 2013-12-19 10:31:48
真菌的ITS序列一般不会有1100bp吧 建议你看看峰图，把头和尾的杂峰部分去掉 然后再BLAST
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2楼2013-12-15 20:24:14
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见神一笑

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
你是连接转化后再测序的吧？载体序列没有去掉？
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好好努力
3楼2013-12-16 10:32:49
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smile901018

金虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 见神一笑 at 2013-12-16 10:32:49
你是连接转化后再测序的吧？载体序列没有去掉？

我是PCR未纯化产物直接测序
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4楼2013-12-16 13:34:55
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smile901018

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by wwjinx at 2013-12-15 20:24:14
真菌的ITS序列一般不会有1100bp吧 建议你看看峰图，把头和尾的杂峰部分去掉 然后再BLAST

我跑胶看到的也是差不多一千多bp，看了峰图，就算去掉前后应该也接近1000bp，其实我其他的样也只有600bp左右，只有这个不一样
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5楼2013-12-16 13:43:49
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muji9908

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
smile901018: 金币+2, ★有帮助 2013-12-19 10:30:14
你把cover的那一部分去掉，剩下的再做blast。看看能出来什么。有可能是chimera。
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6楼2013-12-17 20:04:39
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xiuqyang

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
找PCR引物，去掉载体，剩余的片段再去比对，就不会有45%的覆盖率出现了
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杨穆
7楼2013-12-17 21:36:14
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smile901018

金虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by xiuqyang at 2013-12-17 21:36:14
找PCR引物，去掉载体，剩余的片段再去比对，就不会有45%的覆盖率出现了

首先谢谢你的应助，其实我是直接提取真菌DNA做PCR，然后送PCR未纯化产物去测序的，没有连接到载体的~
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8楼2013-12-18 09:30:27
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