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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 【求助/交流】BLAST之后，怎么拿全序列啊？
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feiye2214

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助/交流】BLAST之后，怎么拿全序列啊？ 已有5人参与

从头说起，我想获得目的物种的beta-actin基因全序列，以一些相近物种的同源序列（mRNA完整片段）设计引物，以目的物种的基因组DNA为模板，获得了一条853bp的序列，经BLAST之后，与人类9号染色体上的片段相似度78%，与小鼠的：Mus musculus actin, beta, cytoplasmic (Actb), mRNA  Length=1891，覆盖率96%，相似度83%；
还有一个：PREDICTED: Mus musculus similar to gamma actin-like protein (LOC667260),  misc RNA Length=1313，覆盖率96%，相似度83%，这个“similar to gamma actin-like protein ”是说什么蛋白啊？

与相近物种比对之后，有基因DNA序列的，也有mRNA序列的，覆盖率、相似度都在百分之八九十！

为什么我用的是DNA进行扩增的，序列为什么跟mRNA同源性那么高啊？中间不是应该有内含子吗？还是850bp不够长？都处在外显子了？？

进一步的问题：小弟想搞到这个beta-actin基因全序列，是不是以这个获得的850bp的序列为设计区段，设计引物向两头扩增？染色体步移是不是就是说这个情况？高手给点指导哈。

[ Last edited by feiye2214 on 2010-12-25 at 14:41 ]
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1楼 2010-12-25 10:29:25
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censam
2楼2010-12-25 10:30:30
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rioarsenal

金虫 (正式写手)
什么物种？原核还是真核
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3楼2010-12-25 10:48:43
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feiye2214

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by rioarsenal at 2010-12-25 10:48:43:
什么物种？原核还是真核

真核，头足类。
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4楼2010-12-25 10:57:40
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rioarsenal

金虫 (正式写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
dhd997(金币+1):谢谢交流 2010-12-26 08:56:53
真核啊，想做全序列，要做RACE的
赞一下(2人) 回复此楼
5楼2010-12-25 11:08:59
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feiye2214

木虫 (正式写手)
给自己的帖子顶一下
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6楼2010-12-25 16:17:31
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haitian0625

金虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
scelab(金币+3):欢迎多来交流！:tiger06: 2010-12-25 23:29:48
做BLAST时，会自动比对你的基因序列与他物种已知的mRNA序列，一般会是正负(链)的关系；
PCR测序时，是否可以根据相邻外显子(保守性高)设计引物扩增出内含子呢？
你说的向两头，是反义PCR，应该可以试试；
染色体步移是逐步缩小区间的目的基因定位方法。
赞一下(2人) 回复此楼
7楼2010-12-25 16:32:34
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lwzxl007

木虫 (小有名气)
小弟的帖子，顶了
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8楼2010-12-25 21:52:03
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