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feiye2214木虫 (正式写手)
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[交流]
【求助/交流】BLAST之后，怎么拿全序列啊？ 已有5人参与
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从头说起，我想获得目的物种的beta-actin基因全序列，以一些相近物种的同源序列（mRNA完整片段）设计引物，以目的物种的基因组DNA为模板，获得了一条853bp的序列，经BLAST之后，与人类9号染色体上的片段相似度78%，与小鼠的：Mus musculus actin, beta, cytoplasmic (Actb), mRNA Length=1891，覆盖率96%，相似度83%； 还有一个：PREDICTED: Mus musculus similar to gamma actin-like protein (LOC667260), misc RNA Length=1313，覆盖率96%，相似度83%，这个“similar to gamma actin-like protein ”是说什么蛋白啊？ 与相近物种比对之后，有基因DNA序列的，也有mRNA序列的，覆盖率、相似度都在百分之八九十！ 为什么我用的是DNA进行扩增的，序列为什么跟mRNA同源性那么高啊？中间不是应该有内含子吗？还是850bp不够长？都处在外显子了？？ 进一步的问题：小弟想搞到这个beta-actin基因全序列，是不是以这个获得的850bp的序列为设计区段，设计引物向两头扩增？染色体步移是不是就是说这个情况？高手给点指导哈。 [ Last edited by feiye2214 on 2010-12-25 at 14:41 ] |
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3楼2010-12-25 10:48:43
feiye2214
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