应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 【求助/交流】BLAST之后，怎么拿全序列啊？
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
81/1返回列表
查看: 1091  |  回复: 7
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

feiye2214

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助/交流】BLAST之后，怎么拿全序列啊？ 已有5人参与

从头说起，我想获得目的物种的beta-actin基因全序列，以一些相近物种的同源序列（mRNA完整片段）设计引物，以目的物种的基因组DNA为模板，获得了一条853bp的序列，经BLAST之后，与人类9号染色体上的片段相似度78%，与小鼠的：Mus musculus actin, beta, cytoplasmic (Actb), mRNA  Length=1891，覆盖率96%，相似度83%；
还有一个：PREDICTED: Mus musculus similar to gamma actin-like protein (LOC667260),  misc RNA Length=1313，覆盖率96%，相似度83%，这个“similar to gamma actin-like protein ”是说什么蛋白啊？

与相近物种比对之后，有基因DNA序列的，也有mRNA序列的，覆盖率、相似度都在百分之八九十！

为什么我用的是DNA进行扩增的，序列为什么跟mRNA同源性那么高啊？中间不是应该有内含子吗？还是850bp不够长？都处在外显子了？？

进一步的问题：小弟想搞到这个beta-actin基因全序列，是不是以这个获得的850bp的序列为设计区段，设计引物向两头扩增？染色体步移是不是就是说这个情况？高手给点指导哈。

[ Last edited by feiye2214 on 2010-12-25 at 14:41 ]
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2010-12-25 10:29:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

censam
2楼2010-12-25 10:30:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

rioarsenal

金虫 (正式写手)
什么物种？原核还是真核
赞一下 回复此楼
3楼2010-12-25 10:48:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

feiye2214

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by rioarsenal at 2010-12-25 10:48:43:
什么物种？原核还是真核

真核，头足类。
回复此楼
4楼2010-12-25 10:57:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

rioarsenal

金虫 (正式写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
dhd997(金币+1):谢谢交流 2010-12-26 08:56:53
真核啊，想做全序列，要做RACE的
赞一下(2人) 回复此楼
5楼2010-12-25 11:08:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

feiye2214

木虫 (正式写手)
给自己的帖子顶一下
回复此楼
6楼2010-12-25 16:17:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

haitian0625

金虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
scelab(金币+3):欢迎多来交流！:tiger06: 2010-12-25 23:29:48
做BLAST时，会自动比对你的基因序列与他物种已知的mRNA序列，一般会是正负(链)的关系；
PCR测序时，是否可以根据相邻外显子(保守性高)设计引物扩增出内含子呢？
你说的向两头，是反义PCR，应该可以试试；
染色体步移是逐步缩小区间的目的基因定位方法。
赞一下(2人) 回复此楼
7楼2010-12-25 16:32:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lwzxl007

木虫 (小有名气)
小弟的帖子，顶了
回复此楼
8楼2010-12-25 21:52:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 feiye2214 的主题更新
81/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 土木水利328分求调剂 +5 疾风知劲草666 2026-04-02 5/250 2026-04-03 07:49 by 吉林建筑大学土�
[考研] 一志愿华中农业071010，总分320求调剂 +6 困困困困坤坤 2026-04-02 6/300 2026-04-02 21:28 by dongzh2009
[考研] 293求调剂 +4 珂珂乐 2026-04-02 4/200 2026-04-02 20:10 by 6781022
[考研] 求生物学调剂 +10 15172915737 2026-04-01 10/500 2026-04-02 18:53 by 哦哦嗯哈
[考研] 264分，求任意工科调剂 +4 zzlqwq 2026-03-29 5/250 2026-04-02 17:17 by 何曾几何
[考研] 413求调剂 +3 柯某某 2026-03-31 3/150 2026-04-02 16:59 by zzsw+
[考研] 336求调剂 +6 kiyy 2026-04-01 6/300 2026-04-02 15:51 by Jaylen.
[考研] 材料专业求调剂 +10 月月鸟木 2026-04-01 10/500 2026-04-02 12:57 by wxiongid
[考研] 计算机265跨调环境 +5 Yumeng_6 2026-03-27 5/250 2026-04-02 10:54 by guanxin1001
[考研] 【求调剂】新能源材料本科，一志愿211，初试321 +6 求调剂学校， 2026-04-02 6/300 2026-04-02 09:41 by 晴空210210
[考研] 求调剂，一志愿南京师范大学计算机专硕，初试373，六级通过， +3 计算机追梦人 2026-04-01 3/150 2026-04-02 07:57 by fxue1114
[考研] 材料调剂 +12 一样YWY 2026-04-01 12/600 2026-04-02 00:21 by 百秒光年
[考研] 279求调剂 +7 莫xiao 2026-04-01 7/350 2026-04-01 22:05 by 客尔美德
[考研] 070300化学279求调剂 +15 哈哈哈^_^ 2026-03-31 17/850 2026-04-01 21:37 by 给你你注意休息
[考研] 求调剂：085600材料与化工，考材科基，总分319 +17 678lucky 2026-03-31 21/1050 2026-04-01 01:40 by 1018329917
[考研] 254材料与化工求调剂 +3 翰冬林楠 2026-03-30 4/200 2026-03-31 17:53 by yishunmin
[考研] 085601英二数二求调剂 总分325 +4 余航航 2026-03-31 4/200 2026-03-31 17:38 by 唐沐儿
[考研] 343求调剂 +8 爱羁绊 2026-03-28 8/400 2026-03-31 16:12 by 不吃魚的貓
[考研] 282求调剂 +3 呼吸都是减肥 2026-03-31 3/150 2026-03-31 10:00 by wangjy2002
[考研] 352分 化工与材料 +5 海纳百川Ly 2026-03-27 5/250 2026-03-28 03:39 by fmesaito
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭