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nmgyxx

新虫 (小有名气)

[求助] 如何把多条序列都转化成他们的反序列?(一共50000条,要求每条都反序)

如何把多条序列都转化成他们的反序列?(一共50000条,要求每条都反序)。例如:ATTTCGCGCCAAAAA转化后为:AAAAACCGCGCTTTA
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  • 附件 1 : 原序列.TXT
  • 2013-11-27 10:37:13, 67.62 M

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Davidzjy

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
wizardfan: 金币+1, thanks for posting 2013-11-27 20:07:02
2楼2013-11-27 13:45:31
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Davidzjy

铁杆木虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by Davidzjy at 2013-11-27 13:45:31
http://emboss.bioinformatics.nl/

EMBOSS是个很实用的工具 其中revseq(左边找)可以将序列倒过来
3楼2013-11-27 13:46:55
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nmgyxx

新虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by Davidzjy at 2013-11-27 13:46:55
EMBOSS是个很实用的工具 其中revseq(左边找)可以将序列倒过来...

我试了一下出现错误了不知道为什么,麻烦您看看我的附件,可以直接在EMBOSS中上传然后revseq吗?谢谢
4楼2013-11-27 15:08:32
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Davidzjy

铁杆木虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by nmgyxx at 2013-11-27 15:08:32
我试了一下出现错误了不知道为什么,麻烦您看看我的附件,可以直接在EMBOSS中上传然后revseq吗?谢谢...

出了什么错误?你不说我怎么知道。。。是不是除了reverse还选了complementary?
5楼2013-11-27 15:43:46
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nmgyxx

新虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by Davidzjy at 2013-11-27 15:43:46
出了什么错误?你不说我怎么知道。。。是不是除了reverse还选了complementary?...

麻烦您帮我看一下吧,提交完就这样了
如何把多条序列都转化成他们的反序列?(一共50000条,要求每条都反序)
图片1.jpg

6楼2013-11-27 19:02:07
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
引用回帖:
6楼: Originally posted by nmgyxx at 2013-11-27 19:02:07
麻烦您帮我看一下吧,提交完就这样了

图片1.jpg
...

1. download emboss and install it locally
2. use the online version
3. use galaxy https://usegalaxy.org/ in the left top corner, search revseq
7楼2013-11-27 20:06:44
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nannan5000

木虫 (正式写手)

感谢参与,应助指数 +1
wizardfan: 应助指数-1, 有代码才能算是应助 2013-11-30 00:57:06
俺可以给你写个小程序完成,很简单的
追求卓越
8楼2013-11-28 15:52:12
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nmgyxx

新虫 (小有名气)

引用回帖:
8楼: Originally posted by nannan5000 at 2013-11-28 15:52:12
俺可以给你写个小程序完成,很简单的

那麻烦啦,求程序……
9楼2013-11-28 16:52:22
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aylya025

木虫 (正式写手)

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
wizardfan: 金币+2, 谢谢参与,不过回帖更倾向于交流,而不是应助,因为你不知道怎么批量 2013-11-30 00:57:38
wizardfan: 应助指数-1, 上次忘记减应助了 2013-11-30 00:58:02
DNAMAN也可以的,不过批量我就不知道该怎么做了
10楼2013-11-29 16:27:29
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