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linyusuc

银虫 (小有名气)

[交流] polymer 初始结构

大家在进行复杂的聚合物体系的全原子模拟的时候，都是如何建构初始体系的呢，如何获得较好的能量最小化的结构呢，有什么高明的方法吗？请大家积极畅所欲言吧！
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1楼 2013-11-20 20:50:39
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hanhan1020

木虫 (正式写手)
★ ★
linyusuc(金币+1): 谢谢参与
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2013-11-21 09:08:19
最好高温下松弛一下晶胞结构
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2楼2013-11-20 21:38:51
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sciencejoy

新虫 (著名写手)
★ ★
linyusuc(金币+1): 谢谢参与
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2013-11-21 09:08:27
无规行走生成高分子主链。能量最小化这一步骤不是必须要有的
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3楼2013-11-20 22:34:22
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linyusuc

银虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by sciencejoy at 2013-11-20 22:34:22
无规行走生成高分子主链。能量最小化这一步骤不是必须要有的

你好，谢谢你的积极讨论，因为对高分子相关的方面的欠缺，并不是很明白你的意思，为什么不是必须要有的呢？ 我在进行相关的模拟研究的时候就发现，能量最小化的时候体系的范德华相互作用能是非常大的，这样的结构在进行MD的时候很容易就导致失败，那么请问你有什么高见来解决这种范德华相互作用过大的情况吗？
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4楼2013-11-21 07:09:27
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polypro

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
linyusuc(金币+1): 谢谢参与
月只蓝: 金币+2, 感谢指导！ 2013-11-21 09:08:42
无规行走，可加上体积排斥效应进行预松弛达到平衡一段时间后，再加上能量进行模拟。
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5楼2013-11-21 08:25:47
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sciencejoy

新虫 (著名写手)
★ ★
月只蓝: 金币+2, 感谢指导！ 2013-11-21 15:19:57
引用回帖:
4楼: Originally posted by linyusuc at 2013-11-21 07:09:27
你好，谢谢你的积极讨论，因为对高分子相关的方面的欠缺，并不是很明白你的意思，为什么不是必须要有的呢？ 我在进行相关的模拟研究的时候就发现，能量最小化的时候体系的范德华相互作用能是非常大的，这样的结构在 ...

初始构象生成的时候要注意不要出现粒子重叠的情况，一般不会出现你说的情况。
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6楼2013-11-21 12:04:55
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linyusuc

银虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by sciencejoy at 2013-11-21 12:04:55
初始构象生成的时候要注意不要出现粒子重叠的情况，一般不会出现你说的情况。...

可是我建构的一个包含6个单体的聚苯乙烯链，能量最小化的过程中，这个单一的链总是范德华相互作用能是一个正值，其他的研究分子体系的范德华相互作用能都是负值的，真的很不知道怎么办好？这样的体系能用于随后地MD吗？
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7楼2013-11-21 16:12:59
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sciencejoy

新虫 (著名写手)
★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2013-11-22 15:30:27
引用回帖:
7楼: Originally posted by linyusuc at 2013-11-21 16:12:59
可是我建构的一个包含6个单体的聚苯乙烯链，能量最小化的过程中，这个单一的链总是范德华相互作用能是一个正值，其他的研究分子体系的范德华相互作用能都是负值的，真的很不知道怎么办好？这样的体系能用于随后地M ...

多少链？粒子数密度有多大？直接跑平衡就可以了
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8楼2013-11-21 17:06:48
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linyusuc

银虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by sciencejoy at 2013-11-21 17:06:48
多少链？粒子数密度有多大？直接跑平衡就可以了...

10条链，总计数2850个原子，按照实验上的密度创建的聚合物体系，22埃的模拟盒子，可是这样跑完分子动力学之后出现的问题的就是，体系计算出的分子间相互作用能是很大的正值，而对于其他的聚合物体系，这种计算出的分子间的相互作用都是负值，好像按照常理也该是负值吧，要不体系怎么能稳定存在呢，正值很大不久表示体系中链之间的排斥作用很大吗？
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9楼2013-11-22 07:46:08
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sciencejoy

新虫 (著名写手)
★ ★
月只蓝: 金币+2, 鼓励交流！ 2013-11-22 15:30:33
引用回帖:
9楼: Originally posted by linyusuc at 2013-11-22 07:46:08
10条链，总计数2850个原子，按照实验上的密度创建的聚合物体系，22埃的模拟盒子，可是这样跑完分子动力学之后出现的问题的就是，体系计算出的分子间相互作用能是很大的正值，而对于其他的聚合物体系，这种计算出的 ...

先判断你是否已经跑好平衡了。我没有算过分子间相互作用能
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10楼2013-11-22 09:09:44
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linyusuc

银虫 (小有名气)
引用回帖:
10楼: Originally posted by sciencejoy at 2013-11-22 09:09:44
先判断你是否已经跑好平衡了。我没有算过分子间相互作用能...

您好，那么如何判断是否跑好平衡了呢，是通过对哪些量进行的表征呢？ 不是很明白，真诚向您请教！
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11楼2013-11-23 23:19:17
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sciencejoy

新虫 (著名写手)
★
月只蓝: 金币+1, 感谢指导！ 2013-11-24 10:55:55
引用回帖:
11楼: Originally posted by linyusuc at 2013-11-23 23:19:17
您好，那么如何判断是否跑好平衡了呢，是通过对哪些量进行的表征呢？ 不是很明白，真诚向您请教！...

你没学过分子模拟的课程？判断平衡，看内能、温度是否基本恒定，计算一下一些物理量的弛豫时间，一般前2倍弛豫时间为跑平衡的阶段。
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12楼2013-11-24 07:54:57
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linyusuc

银虫 (小有名气)
引用回帖:
12楼: Originally posted by sciencejoy at 2013-11-24 07:54:57
你没学过分子模拟的课程？判断平衡，看内能、温度是否基本恒定，计算一下一些物理量的弛豫时间，一般前2倍弛豫时间为跑平衡的阶段。...

谢谢你的积极帮助，我再去学习一下相关内容，因为之前没做过这方面的，所以好多都不是很理解！ 万分感激你的帮助！
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13楼2013-11-24 18:08:08
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阿德

金虫 (正式写手)
★
linyusuc(金币+1): 谢谢参与
请问你指的复杂的聚合物体系，是那种还有无定形成分的么？
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14楼2013-11-28 21:27:48
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linyusuc

银虫 (小有名气)
引用回帖:
14楼: Originally posted by 阿德 at 2013-11-28 21:27:48
请问你指的复杂的聚合物体系，是那种还有无定形成分的么？

您好，请问您说的无定形成分指的是什么呀，因为我没有学过高分子方面的知识所以并不是很明白，望您谅解！
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15楼2013-11-29 07:37:13
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阿德

金虫 (正式写手)
引用回帖:
15楼: Originally posted by linyusuc at 2013-11-29 07:37:13
您好，请问您说的无定形成分指的是什么呀，因为我没有学过高分子方面的知识所以并不是很明白，望您谅解！...

就是晶体外的其他形式，你不是也做高分子么？侧重哪一块？

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16楼2013-11-29 22:40:20
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linyusuc

银虫 (小有名气)
引用回帖:
16楼: Originally posted by 阿德 at 2013-11-29 22:40:20
就是晶体外的其他形式，你不是也做高分子么？侧重哪一块？
...

是否指的是无定形元胞是吗，我主要想用理论模拟计算聚合物的溶解度参数的！但是聚合物的模拟研究中有很多的参数不知道设定是否合理呢？请问，您有什么好的建议呢？
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17楼2013-11-30 08:11:53
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阿德

金虫 (正式写手)
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17楼: Originally posted by linyusuc at 2013-11-30 08:11:53
是否指的是无定形元胞是吗，我主要想用理论模拟计算聚合物的溶解度参数的！但是聚合物的模拟研究中有很多的参数不知道设定是否合理呢？请问，您有什么好的建议呢？...

我也不大董高分子，你会计算结构么

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18楼2013-11-30 22:25:02
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linyusuc

银虫 (小有名气)
引用回帖:
18楼: Originally posted by 阿德 at 2013-11-30 22:25:02
我也不大董高分子，你会计算结构么
...

你好，请问你指的计算结构是什么呀？
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19楼2013-12-02 10:34:05
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阿德

金虫 (正式写手)
引用回帖:
19楼: Originally posted by linyusuc at 2013-12-02 10:34:05
你好，请问你指的计算结构是什么呀？...

就是分子的一级结构和二级结构

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20楼2013-12-02 13:50:33
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linyusuc

银虫 (小有名气)
引用回帖:
20楼: Originally posted by 阿德 at 2013-12-02 13:50:33
就是分子的一级结构和二级结构
...

抱歉，这个我也不是很明白，因为以前没有学过高分子方面的知识，所以这方面欠缺很多！
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21楼2013-12-02 14:50:43
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