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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » polymer 初始结构
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linyusuc

银虫 (小有名气)

[交流] polymer 初始结构

大家在进行复杂的聚合物体系的全原子模拟的时候，都是如何建构初始体系的呢，如何获得较好的能量最小化的结构呢，有什么高明的方法吗？请大家积极畅所欲言吧！
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1楼 2013-11-20 20:50:39
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linyusuc

银虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by sciencejoy at 2013-11-21 17:06:48
多少链？粒子数密度有多大？直接跑平衡就可以了...

10条链，总计数2850个原子，按照实验上的密度创建的聚合物体系，22埃的模拟盒子，可是这样跑完分子动力学之后出现的问题的就是，体系计算出的分子间相互作用能是很大的正值，而对于其他的聚合物体系，这种计算出的分子间的相互作用都是负值，好像按照常理也该是负值吧，要不体系怎么能稳定存在呢，正值很大不久表示体系中链之间的排斥作用很大吗？
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9楼2013-11-22 07:46:08
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hanhan1020

木虫 (正式写手)
★ ★
linyusuc(金币+1): 谢谢参与
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2013-11-21 09:08:19
最好高温下松弛一下晶胞结构
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2楼2013-11-20 21:38:51
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sciencejoy

新虫 (著名写手)
★ ★
linyusuc(金币+1): 谢谢参与
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2013-11-21 09:08:27
无规行走生成高分子主链。能量最小化这一步骤不是必须要有的
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3楼2013-11-20 22:34:22
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linyusuc

银虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by sciencejoy at 2013-11-20 22:34:22
无规行走生成高分子主链。能量最小化这一步骤不是必须要有的

你好，谢谢你的积极讨论，因为对高分子相关的方面的欠缺，并不是很明白你的意思，为什么不是必须要有的呢？ 我在进行相关的模拟研究的时候就发现，能量最小化的时候体系的范德华相互作用能是非常大的，这样的结构在进行MD的时候很容易就导致失败，那么请问你有什么高见来解决这种范德华相互作用过大的情况吗？
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4楼2013-11-21 07:09:27
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