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linyusuc

银虫 (小有名气)

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[交流] polymer 初始结构

大家在进行复杂的聚合物体系的全原子模拟的时候，都是如何建构初始体系的呢，如何获得较好的能量最小化的结构呢，有什么高明的方法吗？请大家积极畅所欲言吧！

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1楼 2013-11-20 20:50:39

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sciencejoy

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linyusuc(金币+1): 谢谢参与
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2013-11-21 09:08:27

无规行走生成高分子主链。能量最小化这一步骤不是必须要有的

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3楼2013-11-20 22:34:22

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sciencejoy

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月只蓝: 金币+2, 感谢指导！ 2013-11-21 15:19:57

引用回帖:

4楼: Originally posted by linyusuc at 2013-11-21 07:09:27
你好，谢谢你的积极讨论，因为对高分子相关的方面的欠缺，并不是很明白你的意思，为什么不是必须要有的呢？我在进行相关的模拟研究的时候就发现，能量最小化的时候体系的范德华相互作用能是非常大的，这样的结构在 ...

初始构象生成的时候要注意不要出现粒子重叠的情况，一般不会出现你说的情况。

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6楼2013-11-21 12:04:55

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sciencejoy

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月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2013-11-22 15:30:27

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7楼: Originally posted by linyusuc at 2013-11-21 16:12:59
可是我建构的一个包含6个单体的聚苯乙烯链，能量最小化的过程中，这个单一的链总是范德华相互作用能是一个正值，其他的研究分子体系的范德华相互作用能都是负值的，真的很不知道怎么办好？这样的体系能用于随后地M ...

多少链？粒子数密度有多大？直接跑平衡就可以了

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8楼2013-11-21 17:06:48

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sciencejoy

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月只蓝: 金币+2, 鼓励交流！ 2013-11-22 15:30:33

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9楼: Originally posted by linyusuc at 2013-11-22 07:46:08
10条链，总计数2850个原子，按照实验上的密度创建的聚合物体系，22埃的模拟盒子，可是这样跑完分子动力学之后出现的问题的就是，体系计算出的分子间相互作用能是很大的正值，而对于其他的聚合物体系，这种计算出的 ...

先判断你是否已经跑好平衡了。我没有算过分子间相互作用能

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10楼2013-11-22 09:09:44

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