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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » polymer 初始结构
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linyusuc

银虫 (小有名气)

[交流] polymer 初始结构

大家在进行复杂的聚合物体系的全原子模拟的时候，都是如何建构初始体系的呢，如何获得较好的能量最小化的结构呢，有什么高明的方法吗？请大家积极畅所欲言吧！
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1楼 2013-11-20 20:50:39
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linyusuc

银虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by sciencejoy at 2013-11-21 12:04:55
初始构象生成的时候要注意不要出现粒子重叠的情况，一般不会出现你说的情况。...

可是我建构的一个包含6个单体的聚苯乙烯链，能量最小化的过程中，这个单一的链总是范德华相互作用能是一个正值，其他的研究分子体系的范德华相互作用能都是负值的，真的很不知道怎么办好？这样的体系能用于随后地MD吗？
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7楼2013-11-21 16:12:59
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hanhan1020

木虫 (正式写手)
★ ★
linyusuc(金币+1): 谢谢参与
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2013-11-21 09:08:19
最好高温下松弛一下晶胞结构
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2楼2013-11-20 21:38:51
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sciencejoy

新虫 (著名写手)
★ ★
linyusuc(金币+1): 谢谢参与
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2013-11-21 09:08:27
无规行走生成高分子主链。能量最小化这一步骤不是必须要有的
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3楼2013-11-20 22:34:22
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linyusuc

银虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by sciencejoy at 2013-11-20 22:34:22
无规行走生成高分子主链。能量最小化这一步骤不是必须要有的

你好，谢谢你的积极讨论，因为对高分子相关的方面的欠缺，并不是很明白你的意思，为什么不是必须要有的呢？ 我在进行相关的模拟研究的时候就发现，能量最小化的时候体系的范德华相互作用能是非常大的，这样的结构在进行MD的时候很容易就导致失败，那么请问你有什么高见来解决这种范德华相互作用过大的情况吗？
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4楼2013-11-21 07:09:27
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