| 查看: 4034 | 回复: 10 | ||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||
liu_chen_na新虫 (初入文坛)
|
[求助]
Autodock对接构象准确性的评价——RMSD 已有1人参与
|
|
|
蛋白A和小分子B的复合物晶体结构已知。 蛋白C和蛋白A是同一种蛋白（aa序列有差异)，现在想用Autodock模拟蛋白C和小分子B复合物的结构。 为了评估模拟过程的准确性，想以蛋白A和小分子B的复合物晶体结构中小分子B的位置作为计算RMSD的参考值，即零，通过Autodock模拟出的A和B复合物结构中B的RMSD值越小则说明模拟的结果越接近真实。 问题：怎么把蛋白A和小分子B的复合物晶体结构中小分子B的位置作为计算RMSD的参考值？ 补充：Autodock模拟出来的结果都是以结合自由能最低时的小分子B的位置作为参考值。 |
回复此楼» 猜你喜欢
281求调剂（0805）
已经有8人回复
-
环境领域全国重点实验室招收博士1-2名
已经有3人回复
-
材料专硕306英一数二
已经有10人回复
-
301求调剂
已经有6人回复
-
一志愿天津大学化学工艺专业（081702）315分求调剂
已经有7人回复
-
302求调剂
已经有6人回复
-
26博士申请
已经有3人回复
-
268求调剂
已经有3人回复
-
311求调剂
已经有10人回复
-
被我言中：新模板不强调格式了，假专家开始管格式了
已经有4人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 用AutoDock4.2对接准备受体蛋白时为什么要除水？
已经有7人回复
- 急求解！！AutoDock对接后，分析提示错误
已经有7人回复
- 用autodock对接，用什么软件定点突变蛋白质
已经有14人回复
- autodock对接时蛋白的处理问题
已经有6人回复
- autodock什么时候存在pi-pi interations？
已经有9人回复
- 二氯甲烷的极性3.4，肿么这么低，求解释
已经有6人回复
- 新手求助有关RMSD,RMSF等计算
已经有12人回复
- 用autodock做对接，box设置无法包括受体活性区域和配体
已经有6人回复
- surflex-dock对接问题
已经有3人回复
- 周期性边界造成的RMSD异常值
已经有12人回复
- 使用autodock4.2处理分子对接问题，在run autogrid时总是出错，请各位高人指点啊？？
已经有10人回复
- 用AutoDock作分子对接前的小分子能量最小化问题
已经有6人回复
- 【求助】关于RMSD的计算
已经有4人回复
- 【求助】高手求助,Autodock4 最后一步无法对接,弄了几天!
已经有7人回复
- 【其他】autodock 保存文件
已经有14人回复
- 【求助】求助：怎样将Autodock做出来的对接图保存成pdb格式？谢谢
已经有12人回复
- 【求助】能够计算结合自由能的分子对接软件除了autodock还有哪些？
已经有7人回复
- 【原创】AutoDock使用笔记总结－原创始发
已经有32人回复
yaozhq
金虫 (小有名气)
- 应助: 126 (高中生)
- 金币: 1137.8
- 红花: 7
- 帖子: 260
- 在线: 37.6小时
- 虫号: 1475454
- 注册: 2011-11-04
- 性别: GG
- 专业: 生物大分子结构与功能
3楼2013-11-19 09:44:42
1054950560
金虫 (正式写手)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 1338.7
- 散金: 25
- 红花: 7
- 帖子: 327
- 在线: 138.2小时
- 虫号: 1658658
- 注册: 2012-03-02
- 性别: GG
- 专业: 药物化学
2楼2013-11-18 14:40:44
liu_chen_na
新虫 (初入文坛)
- 应助: 2 (幼儿园)
- 金币: 371
- 散金: 39
- 帖子: 48
- 在线: 63.1小时
- 虫号: 1094397
- 注册: 2010-09-09
- 性别: GG
- 专业: 生物化学
4楼2013-11-19 11:09:03
29050801
新虫 (小有名气)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 1065.5
- 散金: 6
- 红花: 1
- 帖子: 163
- 在线: 78.4小时
- 虫号: 1765116
- 注册: 2012-04-19
- 性别: GG
- 专业: 生物化学
5楼2013-11-19 20:36:23
20