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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » Autodock对接构象准确性的评价——RMSD
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liu_chen_na

新虫 (初入文坛)

[求助] Autodock对接构象准确性的评价——RMSD 已有1人参与

蛋白A和小分子B的复合物晶体结构已知。
蛋白C和蛋白A是同一种蛋白（aa序列有差异)，现在想用Autodock模拟蛋白C和小分子B复合物的结构。
为了评估模拟过程的准确性，想以蛋白A和小分子B的复合物晶体结构中小分子B的位置作为计算RMSD的参考值，即零，通过Autodock模拟出的A和B复合物结构中B的RMSD值越小则说明模拟的结果越接近真实。
问题：怎么把蛋白A和小分子B的复合物晶体结构中小分子B的位置作为计算RMSD的参考值？
补充：Autodock模拟出来的结果都是以结合自由能最低时的小分子B的位置作为参考值。
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1楼 2013-11-18 13:48:02
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yaozhq

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+2, 感谢指导！ 2013-11-19 10:41:33
liu_chen_na: 金币+5, ★有帮助 2013-11-19 11:04:22
RMSD是比较结构构象差异的  实际上位置可以有差异 比如平移+旋转 只要分子内部相对坐标没变RMSD还是0  所以感觉比较好的做法是将蛋白A和C superimpose 对齐，然后看看通过对接得到的B和晶体里的B在这个时候的结构是否相近 靠近 最后在用软件算一下RMSD 像ls说的 VMD里应该有模块可以算的 discovery studio 也可以
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3楼2013-11-19 09:44:42
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1054950560

金虫 (正式写手)
★ ★
月只蓝: 金币+2, 感谢指导！ 2013-11-18 15:01:13
这个用VMD可以计算，但是使用autodock没接触过。祝好运
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努力就会有回报，不管是好的还是坏的
2楼2013-11-18 14:40:44
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liu_chen_na

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by yaozhq at 2013-11-19 09:44:42
RMSD是比较结构构象差异的  实际上位置可以有差异 比如平移+旋转 只要分子内部相对坐标没变RMSD还是0  所以感觉比较好的做法是将蛋白A和C superimpose 对齐，然后看看通过对接得到的B和晶体里的B在这个时候的结构是 ...

将蛋白A和C superimpose 对齐，如何实现？用ADT可以实现吗？我刚学，不是很熟悉这些术语。
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4楼2013-11-19 11:09:03
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29050801

新虫 (小有名气)
★ ★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2013-11-20 13:49:17
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2013-11-21 08:55:59
引用回帖:
4楼: Originally posted by liu_chen_na at 2013-11-19 11:09:03
将蛋白A和C superimpose 对齐，如何实现？用ADT可以实现吗？我刚学，不是很熟悉这些术语。...

好像pymol有align或者fit
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个人主页http://cnrdn.com/pXg5
5楼2013-11-19 20:36:23
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