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liu_chen_na专家顾问
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Autodock对接构象准确性的评价——RMSD 已有1人参与
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蛋白A和小分子B的复合物晶体结构已知。 蛋白C和蛋白A是同一种蛋白（aa序列有差异)，现在想用Autodock模拟蛋白C和小分子B复合物的结构。 为了评估模拟过程的准确性，想以蛋白A和小分子B的复合物晶体结构中小分子B的位置作为计算RMSD的参考值，即零，通过Autodock模拟出的A和B复合物结构中B的RMSD值越小则说明模拟的结果越接近真实。 问题：怎么把蛋白A和小分子B的复合物晶体结构中小分子B的位置作为计算RMSD的参考值？ 补充：Autodock模拟出来的结果都是以结合自由能最低时的小分子B的位置作为参考值。 |
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