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liu_chen_na

新虫 (初入文坛)

[求助] Autodock对接构象准确性的评价——RMSD 已有1人参与

蛋白A和小分子B的复合物晶体结构已知。
蛋白C和蛋白A是同一种蛋白(aa序列有差异),现在想用Autodock模拟蛋白C和小分子B复合物的结构。
为了评估模拟过程的准确性,想以蛋白A和小分子B的复合物晶体结构中小分子B的位置作为计算RMSD的参考值,即零,通过Autodock模拟出的A和B复合物结构中B的RMSD值越小则说明模拟的结果越接近真实。
问题:怎么把蛋白A和小分子B的复合物晶体结构中小分子B的位置作为计算RMSD的参考值?
补充:Autodock模拟出来的结果都是以结合自由能最低时的小分子B的位置作为参考值。
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xpyp

木虫 (小有名气)


月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2013-11-20 13:49:23
此为:crossdocking
6楼2013-11-19 22:33:40
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