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M1ngq

金虫 (初入文坛)

[求助] AutoDock、Vina使用中的一些问题 已有1人参与

1.在AutoDock中那通过“Docking——>Search Parameters…——>"选择一种算法之后,弹出来一个对话框(已附图)。分别有一个"Runs"和"Cycle"的输入框,这两个各自代表什么?。想要对接100次需要怎么设置?主要是想对结合能进行分析


     2.另外我在用Vina的时候,有一个“log.txt”的文件,里面的这些英文分别代表什么啊。
mode |   affinity | dist from best mode
     | (kcal/mol) | rmsd l.b.| rmsd u.b.
-----+------------+----------+----------
   1         -6.5      0.000      0.000
   2         -6.2     28.079     30.789
   3         -5.9     29.035     31.313
   4         -5.8     26.887     30.246
   5         -5.7     26.230     28.168
   6         -5.6     27.449     30.266
   7         -5.5      1.262      2.125
   8         -5.4     26.819     28.874
   9         -5.4      1.938     11.644
Writing output ... done.
AutoDock、Vina使用中的一些问题
6(G$KKY1O[IK1AB5~_}$R@8.jpg
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ok

[ 发自小木虫客户端 ]
4楼2014-01-23 23:17:51
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查看全部 5 个回答

s1g2k3

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2013-11-09 15:57:46
对接一百次?还是输出一百个构象,vina的第一列是能量值,越低越稳定,也是按照这个排列的,第二行是以后的构象与第一个构象的距离,第三列是以后的构象和第一构象的差别情况。
知识总是多的学不完,但是真的艺不压身。
2楼2013-11-09 10:35:11
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M1ngq

金虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by s1g2k3 at 2013-11-09 10:35:11
对接一百次?还是输出一百个构象,vina的第一列是能量值,越低越稳定,也是按照这个排列的,第二行是以后的构象与第一个构象的距离,第三列是以后的构象和第一构象的差别情况。

是对接一百次。另外你这里说的对接一百个构像,有什么便捷设置吗?非要一个构像一个构像的分次对接吗

[ 发自小木虫客户端 ]
3楼2013-11-11 13:09:07
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longytu

捐助贵宾 (正式写手)


【答案】应助回帖


月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2014-02-12 16:32:56
RUN 为对接次数设置
5楼2014-02-07 17:58:19
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